Gaussian优化磺化二硫化钼总是失败，请问各位老师如何解决

cgy · 发表于 Post on 2024-8-22 11:01:39

各位老师好，我使用Materials studio生成了二硫化钼并用接枝脚本进行了磺化，并根据本论坛中提到的将硫原子在边缘，没有接枝的硫原子加氢处理，并用MS中clean进行简单优化后，导出mol2文件。将之后通过GV05生成gif文件。采用混合基组，Mo原子采用LANL2DZ基组，其余原子采用本论坛中所提到的基础基组6-31G*，进行优化和振动分析，以获得chk文件进行电荷分配。但是128个循环后失败了，不知道什么原因，请问各位老师有懂的吗，谢谢老师。
下面我上传了gif和out文件。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-8-22 11:06:40

不用探究和解决，按照实际情况，不要截取团簇，保留体系周期性特点，使用单胞做周期性计算，建议程序为CP2K/QE/VASP。

cgy · 发表于 Post on 2024-8-22 11:18:45

zjxitcc 发表于 2024-8-22 11:06
不用探究和解决，按照实际情况，不要截取团簇，保留体系周期性特点，使用单胞做周期性计算，建议程序为CP2K ...

好的，谢谢老师，不过我这个磺化二硫化钼如果优化好需要放入gromacs中去，保持周期性是否也可以做到在groamcs中跑

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-22 11:31:31

gromacs既可以跑团簇，也可以跑周期性无机结构，用sobtop都可以创建相应的拓扑文件

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-8-22 11:31:31

cgy 发表于 2024-8-22 11:18
好的，谢谢老师，不过我这个磺化二硫化钼如果优化好需要放入gromacs中去，保持周期性是否也可以做到在gro ...

分子动力学软件本身就擅长/可以处理周期性体系，输入文件就需要盒子信息。

cgy · 发表于 Post on 2024-8-22 11:33:59

zjxitcc 发表于 2024-8-22 11:31
分子动力学软件本身就擅长/可以处理周期性体系，输入文件就需要盒子信息。

好的，谢谢老师，我学习一下cp2k这些软件

cgy · 发表于 Post on 2024-8-22 11:34:46

zjxitcc 发表于 2024-8-22 11:06
不用探究和解决，按照实际情况，不要截取团簇，保留体系周期性特点，使用单胞做周期性计算，建议程序为CP2K ...

老师，再问您一下，CP2K/QE/VASP这三个程序有没有windows版本的呀

cgy · 发表于 Post on 2024-8-22 11:35:20

sobereva 发表于 2024-8-22 11:31
gromacs既可以跑团簇，也可以跑周期性无机结构，用sobtop都可以创建相应的拓扑文件

好的，谢谢老师

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-8-22 12:03:47

cgy 发表于 2024-8-22 11:34
老师，再问您一下，CP2K/QE/VASP这三个程序有没有windows版本的呀

没有意义。正经计算都在Linux下跑。

cgy · 发表于 Post on 2024-8-22 14:43:55

zjxitcc 发表于 2024-8-22 12:03
没有意义。正经计算都在Linux下跑。

好的，谢谢老师

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[综合交流] Gaussian优化磺化二硫化钼总是失败，请问各位老师如何解决

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