计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 22746|回复 Reply: 16
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 提取IRC一端结构优化的问题

[复制链接 Copy URL]

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
计算的分子为PhSO,其中一个异构化的IRC的一端的结构如图一所示,保存结构做优化,得到的结构与其相同,opt收敛了,但做freq时后两项为NO,改用opt=tight继续优化,却得到了图二的结构,怎么也得不到图一的结构,而在b3lyp/6-31g*这种小基组下,图一的结构做opt和freq都是四个yes,请问这种情况应该如何处理,谢谢!


14

帖子

0

威望

1932

eV
积分
1946

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2016-12-23 17:12:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 daxiali 于 2016-12-23 20:07 编辑

按照有机化学知识来说,图一结构发生[3, 3]σ迁移就是图二的结构。我认为图一应该是中间体。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2016-12-23 17:50:26 | 只看该作者 Only view this author
这种小体系直接用calcall优化,情况还不理想把IRC两端结构和过渡态结构都贴出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-23 18:43:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xujian 于 2016-12-23 19:20 编辑
daxiali 发表于 2016-12-23 17:12
按照有机化学知识来说,图一结构发生3,3重排就是图二的结构。我认为图一应该是中间体。

谢谢,该怎么理解这种迁移的发生啊?不过小基组下确实是一个稳定点 PhSOconformer9_6-31g_tight.log (284.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-23 19:05:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-23 17:50
这种小体系直接用calcall优化,情况还不理想把IRC两端结构和过渡态结构都贴出来

谢谢老师,同样的情况还出现在这个小体系,前一个在b3lyp/6-311+g(3df)下优化的(附件一),没有问题,后一个在b3lyp/aug-cc-pVTZ下优化,用了opt=calcall,还是出现no(附件二)。
OSNCONconformer4.log (114.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
OSNCONconformer4_AVTZ.log (130.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)


588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-23 19:12:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xujian 于 2016-12-23 19:14 编辑
sobereva 发表于 2016-12-23 17:50
这种小体系直接用calcall优化,情况还不理想把IRC两端结构和过渡态结构都贴出来

老师,那个PhSO在6-311g**这个基组下用了opt=calcall之后只存在图二结构(附件二),附件一为图一结构
PhSOconformer9_6-31g_tight.log (284.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
PhSOconformer9.log (407.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)




6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2016-12-24 06:37:56 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-12-23 19:05
谢谢老师,同样的情况还出现在这个小体系,前一个在b3lyp/6-311+g(3df)下优化的(附件一),没有问题,后 ...


Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
可尝试opt=tight int=ultrafine,如果最终四个位移收敛限也能在default标准限以内就足够准了

DFT用AVTZ完全是浪费时间,对此体系用比def2-TZVP高的基组优化都毫无意义
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-12-24 06:43:46 | 只看该作者 Only view this author
两次计算缺乏可比性,要比基组的影响就把其它关键词都弄成一样,排除其余因素

若6-31G*由于基组过小,导致S插入C-C键过程存在虚假的微小势垒,两种基组优化结果不同并不奇怪。观看6-31G*的振动动画,可见S插入C-C键是个波数才一百多的模式,增大基组很可能导致这个方向上势垒就没了。
若要保险,排斥基组不完备性因素,直接用def2-TZVP优化。

另外,opt=calcall的时候再写freq是多余的,自动就会做freq。对二重态也没必要手动写U,本身就是默认
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-24 08:45:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-24 06:37
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
可尝试opt=t ...

谢谢老师,我扫了一下二面角,发现极小值点确实没有了,不知道有没有什么文献中有这种类似的情况可以引用一下。

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-24 16:34:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-24 06:43
两次计算缺乏可比性,要比基组的影响就把其它关键词都弄成一样,排除其余因素

若6-31G*由于基组过小,导 ...

老师,我用b3lyp/def2-tzvp算出来有这种结构(附件一),然后用BP86/def2-tzvp和M06-2X/def2-tzvp验证这种结构(附件二、三),但是BP86又变成环状结构,这种情况下应该以什么为准



PhSOconformer9_def2tzvp.log (320.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)
PhSOconformer9_bp86def2tzvp.log (700.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
PhSOconformer9_m062xdef2tzvp.log (289.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2016-12-24 17:48:42 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-12-24 16:34
老师,我用b3lyp/def2-tzvp算出来有这种结构(附件一),然后用BP86/def2-tzvp和M06-2X/def2-tzvp验证这 ...


最严格的是用较好的双杂化泛函来优化以验证
但从当前来看,B3LYP和M062X都表明有三元环的是极小点,9成说明就是有极小点,有兴趣的话可以再算算S插入C-C的势垒,肯定很低
GGA算的势垒总是偏低,因此对于这种本来势垒就很小的情况,直接就没有势垒了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-25 10:00:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-24 17:48
最严格的是用较好的双杂化泛函来优化以验证
但从当前来看,B3LYP和M062X都表明有三元环的是极小点,9 ...

谢谢老师,请问有哪些双杂化泛函可以用啊?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2016-12-25 10:12:35 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-12-25 10:00
谢谢老师,请问有哪些双杂化泛函可以用啊?

参考
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-25 14:08:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-25 10:12
参考
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344

谢谢,Merry Christmas

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-27 08:42:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-25 10:12
参考
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344

老师,我用双杂化泛函DSD-PBEP86-D3(BJ)优化这个结构,虽然正常结束,但是四个都是no,是不是说明这个结构不存在?
PhSOconformer9_DSD-PBEP86-D3BJ.log (332.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 08:59 , Processed in 0.228290 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list