orca需要确定的电荷数，算大团簇的电荷数时只能通过自己数计算出来吗

sush · 发表于 Post on 2024-8-23 19:01:32

各位老师们，在用orca软件的时候需要确定电荷数和自旋多重度，请问已知一个大团簇（OEC）的原子坐标如何确定这个团簇的带电量呀？模型是要算有228个原子的团簇，师姐以前用的方法是手动构建原子组，用中心结构每个原子的价态加上周围氨基酸分子的带电情况，有没有可以直接计算出来的方法呀，手动经常会出错

alonewolfyang · 发表于 Post on 2024-8-23 19:20:26

好复杂，为啥要这么做

sush · 发表于 Post on 2024-8-23 19:37:40

alonewolfyang 发表于 2024-8-23 19:20
好复杂，为啥要这么做

我也觉得，可是我也不会咋算总的电荷数55

alonewolfyang · 发表于 Post on 2024-8-23 20:30:25

sush 发表于 2024-8-23 19:37
我也觉得，可是我也不会咋算总的电荷数55

啊这。。。太逆天了，你确定是这么搞吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-24 06:44:57

截图纯粹是胡搞瞎搞

不说清楚团簇具体是什么，别人没法准确回答你。自行根据包含的物质，结合基本化学常识判断每个单体的净电荷，然后加和得到整个体系的净电荷

sush · 发表于 Post on 2024-8-24 14:10:06

alonewolfyang 发表于 2024-8-23 20:30
啊这。。。太逆天了，你确定是这么搞吗？

ε=(´ο｀*)))唉师姐是这么教的，其实就是下边sob老师说的 “结合基本化学常识判断每个单体的净电荷，然后加和得到整个体系的净电荷”只不过师姐把它写在atom group里去了可能方便看吧这个团簇太大了o(╥﹏╥)o

sush · 发表于 Post on 2024-8-24 14:16:15

sobereva 发表于 2024-8-24 06:44
截图纯粹是胡搞瞎搞

不说清楚团簇具体是什么，别人没法准确回答你。自行根据包含的物质，结合基本化学常 ...

谢谢老师的解答，o(╥﹏╥)o团簇是光系统2中的oxygen-evolving complex（OEC）的S2态，师姐告诉我的意思应该也是判断每个单体的净电荷，然后加和得到整个体系的净电荷，只是她写到了atom group的charge里然后加和的

sush · 发表于 Post on 2024-8-24 14:32:19

具体的团簇的结构如图3 ，中心结构如图2 ，图1 是文献里原子坐标。

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[新手求助] orca需要确定的电荷数，算大团簇的电荷数时只能通过自己数计算出来吗