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[GROMACS] 请问为什么模拟结果的阴阳离子聚集在一起,金属阳离子未与溶剂分子形成配位

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模拟基本情况:
1、按照教程http://sobereva.com/531计算RESP2电荷(阴离子用的ma-TZVP)
2、top文件中使用的力场为oplsaa
遇到的问题如下图所示(黄色雾状为处理过的溶剂分子DME,粉色为金属离子Na,蓝色为阴离子FSI):
图1的溶剂分子未处理,图2为处理过的溶剂分子

阴阳离子聚集在一起,两次模拟均是这样的请况,附件为我的溶剂分子及阴离子的itp文件
请问各位老师我该如何解决这个问题
补充:谷歌搜索说是形成了结晶,但是还是没找到解决办法


202408232039106414..jpg (94.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

202408232039106414..jpg

202408232037431607..jpg (83.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

202408232037431607..jpg

DME_bonded.itp

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DME_nonbonded.itp

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2#
发表于 Post on 2024-8-24 06:50:32 | 只看该作者 Only view this author
RESP/RESP2主要是给AMBER系力场用的,OPLS-AA适合用的原子电荷按下文计算
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html

建议RESP电荷结合sobtop产生的GAFF2的拓扑文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-24 08:09:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-24 06:50
RESP/RESP2主要是给AMBER系力场用的,OPLS-AA适合用的原子电荷按下文计算
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1 ...

明白了,谢谢老师

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