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[GROMACS] 求助GROMACS模拟磷酸水溶液时质子H+非键参数的选择

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请问下各位老师,使用GROMACS模拟模拟磷酸(H3PO4)水溶液时质子H+非键参数(nonbonded parameter)应该如何选择,力场为GAFF

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发表于 Post on 2024-8-25 16:14:23 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指磷酸根上面的H,GAFF对其本来就不定义范德华参数。由于此原子带的电子很少,从原理上其范德华作用就很微弱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-25 16:55:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-25 16:14
如果你是指磷酸根上面的H,GAFF对其本来就不定义范德华参数。由于此原子带的电子很少,从原理上其范德华作 ...

好的老师。那我这里把磷酸中H+和[PO4]3-分开考虑,其中H+以[H3O]+的形式存在于水溶液中,其力场参数由sobtop生成(参考sobtop官网例1),这样是否合适?

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发表于 Post on 2024-8-26 03:04:12 | 只看该作者 Only view this author
wangyueda 发表于 2024-8-25 16:55
好的老师。那我这里把磷酸中H+和3-分开考虑,其中H+以[H3O]+的形式存在于水溶液中,其力场参数由sobtop生 ...

可以
但注意中性环境下[PO4]3-的量极少,注意当前pH环境下的主要的质子化态是哪种
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发表于 Post on 2024-8-26 07:47:34 | 只看该作者 Only view this author
J. Phys. Chem. B 2021, 125, 13502−13518

有现成的氢离子或者水合氢离子参数
又菜又爱玩

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