（已解决）PDB下载的蛋白质文件缺失部分氨基酸残基，影响RMSF结果分析(以残基为x)

chenwei · 发表于 Post on 2024-8-26 14:03:46

本帖最后由 chenwei 于 2024-8-27 09:33 编辑

各位老师好，我从PDB下载的蛋白质文件，检索到MISSING RESIDUES，文件缺失了A链1-6，93-107，179-199，252-320序列的氨基酸残基的原子坐标信息，我用文件中蛋白质A链在水环境中进行动力学模拟，后续以残基名为x坐标分析RMSF时发现这一问题，请问如何补全蛋白质文件缺失的信息？
（截图为PDB下载的文件检索到的部分缺失信息，PDB ID：1OD5，由于文件超出限制大小，未能以附件上传）

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-26 14:17:23

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt：

chenwei · 发表于 Post on 2024-8-26 14:19:49

sobereva 发表于 2024-8-26 14:17
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt：
...

好的，谢谢老师的指导

1154975925 · 发表于 Post on 2024-8-26 15:09:20

很好感谢

chenwei · 发表于 Post on 2024-8-27 09:32:41

我在unitpro数据库下载所用蛋白的序列，利用AlphaFold3预测了蛋白质模型，再用pymol对比了PDB下载的蛋白结构，发现AlphaFold3预测的挺好的，对比结果如下图所示（红色为PDB结构，绿色为AlphaFold3预测结构），供大家参考。（使用AlphaFold3需要用梯子和google账号，当前只有web试用版，https://www.alphafoldserver.com，使用方法可以看网站教程）

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-8-27 14:42:09

你算rmsd的时候不要选中缺失的部分不就好了

chenwei · 发表于 Post on 2024-8-28 11:16:40

喵星大佬发表于 2024-8-27 14:42
你算rmsd的时候不要选中缺失的部分不就好了

不好意思，我没太明白您的意思，我是想以残基数目为x计算RMSF的，PDB文件里面的残基编码是没有这些序列，动力学结果里面也没有，结果如下图，所以想先修复蛋白结构

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[GROMACS] （已解决）PDB下载的蛋白质文件缺失部分氨基酸残基，影响RMSF结果分析(以残基为x)

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