求助：在拖拽小分子时出现部分原子不在 T-Coupling groups

emmmmm · 发表于 Post on 2024-8-26 17:00:34

我在进行小分子拖拽时，出现报错135 atoms are not part of any of the T-Coupling groups
我用到的指令是gmx grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -r npt.gro -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr -maxwarn 1
当出现这个报错时，我翻了index文件，并没有发现里面有135个原子的分组，所以我不知道该怎么解决这个问题了

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-8-26 19:57:34

这个报错的意思是体系里有135个原子不在控温组里
你的mdp里控温组分成DOPC TIP3 imc三组，这三组都在ndx里单独分组了吗
另外提一嘴跟这个报错无关的，是否有充足的理由认为使用Nose-Hoover热浴、把控温组分成三组是合适的

emmmmm · 发表于 Post on 2024-8-26 20:25:58

Seyilaxa 发表于 2024-8-26 19:57
这个报错的意思是体系里有135个原子不在控温组里
你的mdp里控温组分成DOPC TIP3 imc三组，这三组都在n ...

这三个组在index里面单独分组了就是目前不知道那135个原子是谁就是我之前的体系也是这个所有的都是一样的除了这个imc 所以我认为Nose-Hoover是合理的

emmmmm · 发表于 Post on 2024-8-26 20:49:21

Seyilaxa 发表于 2024-8-26 19:57
这个报错的意思是体系里有135个原子不在控温组里
你的mdp里控温组分成DOPC TIP3 imc三组，这三组都在n ...

我理解错了您的意思是没必要分成三组是吗

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-8-27 23:57:05

emmmmm 发表于 2024-8-26 20:49
我理解错了您的意思是没必要分成三组是吗

一般来说小分子和溶液之间的能量交换是很频繁的，所以没必要单独分出三组控温组，即使是蛋白质和溶剂，单独控温和把整个system作为控温组通常也不会表现出显著差异。至于真想找那135个原子是什么，就用make_ndx看一下你index.ndx里面的每个分组的原子数，再在.gro文件里看看对应分子的总原子数，就知道是哪里少了

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