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[GROMACS] 使用MMPBSA计算结合自由能,强弱结合的依据文献来源?

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楼主
大家好,我用李老师的gmx_mmpbsa脚本计算了结合自由能,根据输出的内容判断是强的结合力,投稿时审稿人问我有没有文献依据,请问这方面大家有相关的参考文献吗?
下面就是参考的亲和度表格
+==============================================================+
| M(mol/L) |  m/u/pM | dG(kcal/mol) | dG(kJ/mol) | Affinity    |
|==============================================================|
| 0.1      | 100  mM |    -1.364    |   -5.708   |             |
| 0.01     |  10  mM |    -2.728    |  -11.416   |             |
| 0.001    |   1  mM |    -4.093    |  -17.124   |             |
| 0.0001   | 100  uM |    -5.457    |  -22.832   | Weak        |
|--------------------------------------------------------------|
| 0.00001  |  10  uM |    -6.821    |  -28.540   |             |
| 1.0E-06  |   1  uM |    -8.185    |  -34.248   | Medium      |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-07  | 100  nM |    -9.550    |  -39.956   |             |
| 1.0E-08  |  10  nM |   -10.914    |  -45.664   |             |
| 1.0E-09  |   1  nM |   -12.278    |  -51.372   | Strong      |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-10  | 100  pM |   -13.642    |  -57.080   |             |
| 1.0E-11  |  10  pM |   -15.007    |  -62.788   |             |
| 1.0E-12  |   1  pM |   -16.371    |  -68.496   | Very strong |
+==============================================================+

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发表于 Post on 2024-8-29 00:32:20 | 只看该作者 Only view this author
MMPBSA OR MMGBSA 計算時候可以發先deltaG 有時候大到不合理 推薦使用ILE 方法 例如(https://mm.nrc-cnrc.gc.ca/software/sie/info/) 應該會比較好

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