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[GROMACS] GROMACS做水乙醇互溶现象模拟时出现Atomtype c3 not found该怎么解决

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如图,这是相应的itp和top文件,是力场文件有问题还是引入的问题?

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发表于 Post on 2024-8-29 11:36:58 | 只看该作者 Only view this author
[atomtypes]里没加入当前用的GAFF原子类型的定义所致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-29 13:04:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-29 11:36
[atomtypes]里没加入当前用的GAFF原子类型的定义所致

好的老师,但是后面统计氢键时,出现两个WARNING: Selection 'MOL' has no acceptors!
WARNING: Selection 'MOL' has no donors!,选择的区域没找到对应的原子,想问下为什么

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发表于 Post on 2024-8-30 07:31:45 | 只看该作者 Only view this author
ejath 发表于 2024-8-29 13:04
好的老师,但是后面统计氢键时,出现两个WARNING: Selection 'MOL' has no acceptors!
WARNING: Selecti ...

跟你前面问的问题没直接关系,不存在“但是”

gmx没判断出你选的组里存在氢键给体/受体原子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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