用Multiwfn处理NCI的cube文件产生了grid.xyz，怎么转换grid.xyz能查看isosurface?

Oliviaw

我是想查看NCI的选定区域的isosurface，所以Multiwfn处理NCI的cube文件的时候使用了show statistic data of grid points in specific spatial and value range功能。但是最后产生的文件是grid.xyz。请问这个xyz文件是什么用？

我没有弄懂grid.xyz是做什么用的，但是我后来画了一个盒子，可以做到选定区域得到cube文件。然后对这个cube文件再使用show statistic of grid points，不加constrain得到积分值。请问这样的操作顺序是不是对的？

这个积分值我不太确定，因为显示盒子内的isosurface时是把盒子外的格点数值设为100，而不是删除了盒子外的格点，所以积分值应该也包括了设为100的部分。这是不是意味着这个积分值不能用？

sobereva

导出时屏幕上提示得非常清楚：Do you want to export the grids actually involved in statistics to grid.xyz in current folder for visual check?
显然里面的点记录了被统计区域的格点未知，便于你放到VMD里查看被统计的区域对应哪写位置
观看局部区域的等值面应当做的是格点数据屏蔽，下文说了。这跟你当前的操作毫无关系，也根本不牵扯积分值的事
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）

Oliviaw

sobereva 发表于 2024-9-2 07:24
导出时屏幕上提示得非常清楚：Do you want to export the grids actually involved in statistics to grid. ...

问题是grid.xyz里面的格点数据不知道怎么转换成cube文件格式的数据？如果直接复制，不知道在哪些位置加格点为100。而且数据量很大，我不可能手动添加吧？

我试过，xyz文件用multiwfn转不了cube格式。


我试过屏蔽格点的功能是通过画盒子实现的，确实可以做到局部显示isosurface。但是这个盒子的坐标似乎没法保存，所以我想通过在guassview设定长方体的方法，得到grid.xyz，然后读取grid.xyz。

sobereva

Oliviaw 发表于 2024-9-2 10:33
问题是grid.xyz里面的格点数据不知道怎么转换成cube文件格式的数据？如果直接复制，不知道在哪些位置加格 ...

xyz文件和cube文件目的完全不一样，Multiwfn输出这个xyz文件的目的是为了让你直观知道统计的区域在哪里，而不需要靠大脑里空间想象

要盒子的坐标意义不明。