计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 580|回复 Reply: 22
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 三重态的轨道该怎么画?

[复制链接 Copy URL]

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

各位老师:
      大家好!我用TD-B3LYP 计算出一个三重态的电子结构(关键词B3lyp/GENECP td(full,trip)),我发现这个体系的轨道在高斯view上有三种画法:1,选择单重态则能画出单重态结构图1a电子结构;选择三重态(restricted)则画出图1b电子结构,选择三重态(unristricted)则画出图1c的电子结构。
      我想用Sob老师的Multiwfn结合vmd画出这个体系的电子结构,结果发现Multiwfn产生出来的轨道是1a这种情况(图2)
      我的问题是究竟那种画法正确?我个人倾向于画法2(图1b),按理来说就是将图1c相应的alpha轨道与beta-轨道组合到一块就是图1b。
      另外一个问题是如何用Multiwfn读取正确的三重态轨道?最好直接读取成为图1b这种形式方便画图。若不能,至少应该读成图1c这种结构,然后将相应的alph轨道与beta-轨道组合到一块,形成图1b的这种电子结构对应的轨道。相应的图见附件。感谢各位老师的指导。

问题.pdf

161.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 29

3806

帖子

4

威望

7994

eV
积分
11880

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

2#
发表于 Post on 2024-9-4 19:14:56 | 只看该作者 Only view this author
展示输入文件(除坐标外的所有信息)
自动做多参考态计算的程序MOKIT

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-4 19:20:04 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-9-4 19:14
展示输入文件(除坐标外的所有信息)

非常感谢老师的回复!
#p b3lyp  genecp scrf=(smd,solvent=water)  em=gd3 td(triplet,full)

name

0 1
.....cord

Ir 0
SDD
****
2-83 0
6-311G**
****
     

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-4 19:28:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 BinWang 于 2024-9-4 19:29 编辑
zjxitcc 发表于 2024-9-4 19:14
展示输入文件(除坐标外的所有信息)

老师您好我发现改成这种输入方式,用高斯view看不同的设置下还是会出现图1a-c这样的效果,但用Multiwfn读出来的却是图1c的结果
#p ub3lyp  genecp scrf=(smd,solvent=water)  em=gd3

name

0 3
.....cord

Ir 0
SDD
****
2-83 0
6-311G**
****

3806

帖子

4

威望

7994

eV
积分
11880

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

5#
发表于 Post on 2024-9-4 19:56:25 | 只看该作者 Only view this author
不用选来选去,您做了很多错误/不合理操作。GaussView看轨道的面板里,Calculation里的东西都不要动,这一行上面的Charge和Spin也不能改,打开是什么就是什么;看轨道是点击Visualize,然后选择相应的轨道,最后点击Update,等待轨道等值面的显示。什么1b, 1c都不用看了。

3L的关键词 对应的fch文件里是基态单重态(S0)的轨道。4L的关键词 对应的fch文件里是最低三重态(T1)的轨道。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2024-9-4 20:33:34 | 只看该作者 Only view this author
你的计算根本没定义赝势,结果毫无意义,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

Multiwfn里alpha和beta序号的记录规则、选取方式,下文写明了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-4 21:02:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 BinWang 于 2024-9-4 21:06 编辑
sobereva 发表于 2024-9-4 20:33
你的计算根本没定义赝势,结果毫无意义,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
ht ...

非常感谢Sob老师指点,我下面少抄了两行,这样应该没问题吧?
#p ub3lyp  genecp scrf=(smd,solvent=water)  em=gd3
........

Ir 0
SDD
****
2-86 0
6-31G*
****

Ir 0
SDD



5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-9-5 11:00:14 | 只看该作者 Only view this author
BinWang 发表于 2024-9-4 21:02
非常感谢Sob老师指点,我下面少抄了两行,这样应该没问题吧?
#p ub3lyp  genecp scrf=(smd,solvent=wat ...

没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-5 19:26:30 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢Sob老师

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-5 19:28:09 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-9-4 19:56
不用选来选去,您做了很多错误/不合理操作。GaussView看轨道的面板里,Calculation里的东西都不要动,这一 ...

非常感谢老师的回复

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-7 17:39:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-4 20:33
你的计算根本没定义赝势,结果毫无意义,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
ht ...

#p b3lyp  genecp scrf=(smd,solvent=water)  em=gd3 td(triplet,full)

name

0 1
.....cord

Ir 0
SDD
****
2-83 0
6-311G**
****

Sob老师您好!用上面这种方式计算得到的fchk文件,用Multiwfn只能load出单重态的轨道,这是什么原因啊,我明明计算的是三重态,我要用这一个文件同时画出空穴-电荷图,以及三重态的轨道

1万

帖子

0

威望

7393

eV
积分
18146

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2024-9-7 17:41:30 | 只看该作者 Only view this author
BinWang 发表于 2024-9-7 10:39
#p b3lyp  genecp scrf=(smd,solvent=water)  em=gd3 td(triplet,full)

name

因为Multiwfn作的是基态的轨道,你这个计算只有激发态是三重态
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-7 17:45:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-9-7 17:41
因为Multiwfn作的是基态的轨道,你这个计算只有激发态是三重态

非常感谢老师的回复,这样的话我这个体系没办法用上面的方法算出来的fchk文件利用multiwfn画分子轨道图了吗?

108

帖子

0

威望

363

eV
积分
471

Level 3 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-7 18:43:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-4 20:33
你的计算根本没定义赝势,结果毫无意义,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
ht ...

Sob老师,还有一个问题,我根据您的帖子做三重态的空穴-电子图,图几乎看不清楚,不知道什么原因啊?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2024-9-7 23:17:31 | 只看该作者 Only view this author
BinWang 发表于 2024-9-7 17:45
非常感谢老师的回复,这样的话我这个体系没办法用上面的方法算出来的fchk文件利用multiwfn画分子轨道图了 ...

你画的只能是单重态基态的分子轨道
TDDFT算三重态激发态的过程不会再额外产生一套轨道

注意看北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)这页ppt

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 22:47 , Processed in 0.244200 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list