请教NAMD轨迹文件中提取某一帧的命令

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-9-6 21:53:39

[NAMD]请教NAMD轨迹文件中提取某一帧的命令谢谢各位大佬

氪铷锶钇 · 发表于 Post on 2024-9-7 16:34:55

用VMD-》new molecule导入你的input.pdb，然后继续在该pdb中导入dcd轨迹文件，导入后确定，选到你需要的帧，然后选择你的分子（有ID的那一行）右键，选择save coordinate，然后选择你要输出的帧数就可以了

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-7 22:47:20

不要自己在标题里写[NAMD]这种标签
这次给你改了，以后注意

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-9-18 21:01:05

氪铷锶钇发表于 2024-9-7 16:34
用VMD-》new molecule导入你的input.pdb，然后继续在该pdb中导入dcd轨迹文件，导入后确定，选到你需要的帧 ...

好的谢谢老师

CUIGH · 发表于 Post on 2024-9-29 16:50:20

本帖最后由 CUIGH 于 2024-9-29 16:52 编辑

导入轨迹文件后，使用
set all [atomselect top all] #根据自己需要选择原子
$all frame $i #i是帧，根据自己的需要选择
$all update
$all writepsf all.psf
$all writepdb all.pdb

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[NAMD] 请教NAMD轨迹文件中提取某一帧的命令

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