“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 621|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] GROMACS Martini研究蛋白质粗粒化转变求助

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

119

eV
积分
128

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
求助,我在使用Martinize.py脚本时一直报错。 File "E:\MD\martinize.py-master\martinize.py-master\MAIN.py", line 71, in main
    for chain in chain_list:
NameError: name 'chain_list' is not defined,我能咨询一下老师们这该如何解决吗?
我的命令是 python.exe ./martinize.py -f .\M67C4.pdb -o topol.top -ss EE -x protein_CG.pdb -name protein -ff martini22 -nt

989

帖子

4

威望

2331

eV
积分
3400

Level 5 (御坂)

A Student

2#
发表于 Post on 2024-9-10 17:53:58 | 只看该作者 Only view this author
What kind of system you are working on? Which version of the script you are using? Have you tried the latest version of their tools following their latest tutorial? (They had a major update to their website recently with newer tutorials)
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-13 16:23 , Processed in 1.979343 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list