求助疑似molclus搜索的构象有问题

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-11 04:35:35

我在研究一个分子的esipt过程，使用molclus+gaussian，按照将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索中的步骤进行构象搜索，得到了玻尔兹曼分布占80%的构象，其中esipt点位的情况如下图

由图可见，esipt位点周围的一个带N的环由于氢键作用被吸引，我使用柔性扫描研究esipt，然而在过程中，发现能量先上升再下降，形成了能量更小的极小点，如下图

由上下图结构对比可见，在esipt过程中，带N的环逐渐失去位点的氢键作用而发生了显著位移，而这是一个有垒过程。在扫描过程中存在比优势构象能量更低的极小点，这是否说明molclus搜索的构象有问题

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-11 12:21:57

这是你对molclus的构象搜索原理的理解有严重偏差，是用法不当，不是程序的问题

没有完整的结构图、具体被扫描的变量没法判断实际是什么情况
倘若你让产生的traj.xyz轨迹中采样了扫描后的能量更低的极小点附近的结构，当然molclus批量优化后就能得到那个结构。怎么恰当产生traj.xyz必须根据我帖子里说的原理结合实际情况恰当判断，这是用户自身的责任，不是molclus的事。也不要盲目只用confab产生traj.xyz，还有gentor、动力学方式可用。

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-12 19:12:23

sobereva 发表于 2024-9-11 12:21
这是你对molclus的构象搜索原理的理解有严重偏差，是用法不当，不是程序的问题

没有完整的结构图、具体 ...

老师您误解了我的意思，我的意思是我的结果有问题，而非molclus有问题，谢谢老师的解惑

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[Molclus] 求助疑似molclus搜索的构象有问题