借助柔性扫描找过渡态时l999以及步长步数设置咨询

杰小黑

前辈们好！我想确定苯氧自由基的邻位和对位，被其它自由基（如，羟基自由基、硫酸根自由基和另外一个苯氧自由基）进攻时，有无过渡态。我目前的做法是，先优化了产物结构，然后从产物结构出发，对要断裂的键进行健长逐渐增大的柔性扫描，用的关键词是：# UM062X/6-311G** guess(mix,always) opt=modredundant pop=always nosymm scrf em=gd3。用的扫描步长为0.1埃，步数20。但是在柔性扫描中容易在跑到16-19步的时候出现l999(查看是Number of steps exceeded,  NStep=  89)，gview貌似也没法观看是否在当前结构下的能量变化过程（想看是否发生震荡之类的），根据遇到的这个现象有几个疑问：
（1）这种情况下l999报错，又没法看结构优化过程中是否发生能量震荡，有没有与”量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法“帖子中不同的解决办法，还是就是完全一样的方法，改关键词后，从第一步从头重新算。因为out文件有点大，不好上传，下面是SCAN扫描的能量变化图，从上往下依次为硫酸根自由基进攻苯氧自由基邻位、羟基自由基进攻苯氧自由基邻位、羟基自由基进攻苯氧自由基对位。


（2）借助柔性扫描辅助判断均裂这种反应的过渡态，比较合适的步长和步数是多少。上面图中，用0.1埃的步长扫描15步，没出极大值的话，能不能确定没有过渡态。


（3）柔性扫描中被扫描的健长的两端原子的距离，是根据上一步结构加步长确定的，还是根据初始结构加（步长*步数）确定的。

（4）下面是输入输出文件的百度网盘链接通过网盘分享的文件：SCAN链接: https://pan.baidu.com/s/1GtHedyM_qOKNKR0OZuZjGg?pwd=q73w 提取码: q73w

wxyhgk

你的输出文件呢？

还有“l999” 不是报错！经常看到的 L9999 报错，只是高斯的完成和输出而已。L9999 代表计算完成了。

imasen

如果能跑到图1和图2那样后半段比较平滑的曲线我觉得已经足够说明问题了，即使后边报错了也不要紧，只能代表当前在跑的点几何优化不收敛，可能两个部分距离较远已经没啥作用势能面太平缓导致的，但不影响你用已经算完的点去判断。如果出现能量突变的点也不要只看能量变化，可能是结构突变导致的，比如图二的最后一个点，可能它对于你判断是否有过渡态已经没有帮助了。

杰小黑

wxyhgk 发表于 2024-9-14 11:39
你的输出文件呢？

还有“l999” 不是报错！经常看到的 L9999 报错，只是高斯的完成和输出而已。L9999 代 ...

不好意思没说清楚。输出文件不是不想上传，是文件大小超了，上传不了。就是Number of steps exceeded问题。前面两个图是都是这个问题，最后一个图是l502问题。就是只是一个结构优化出问题的话，我可以根据之前卢老师几何结构优化不收敛和SCF不收敛的帖子去改变方法试，但是这个SCAN任务，优化这么多步，不知道该怎么解决。是不是跟普通的结构优化一样，不过SCAN就是从头把每一步都再算一遍。

杰小黑

imasen 发表于 2024-9-14 12:05
如果能跑到图1和图2那样后半段比较平滑的曲线我觉得已经足够说明问题了，即使后边报错了也不要紧，只能代表 ...

谢谢您的回答，很有帮助。还有几个疑问，1）最后一个图（这个其实是l502问题）中虽然没有出现平缓的线，但是优化了19步了，此时的距离差不多就是两者范德华半径的距离了，在multiwfn中设置范德华半径看后，就刚刚挨着，此时是不是也能说明没有过渡态了。我记得之前看到过一个帖子，有人这么说。2）如果说非要把这20步跑完的话，是不是就是按照常规解决l999和l502的方法去做，无非就是计算量大一点，从头开始重新跑 。3）确实会遇到结构突变，特别是头尾相连的两个苯氧自由基，扫描几步后，两个苯氧自由基从“串联”一下子变成了“面对面”。这种情况，是不是需要重新调整初始结构，重新SCAN或者直接去找TS。

wxyhgk

杰小黑 发表于 2024-9-14 13:31
不好意思没说清楚。输出文件不是不想上传，是文件大小超了，上传不了。就是Number of steps exceeded问题 ...

传个网盘不就行了，多简单的事情

杰小黑

wxyhgk 发表于 2024-9-14 14:39
传个网盘不就行了，多简单的事情

您好，给了链接了。