处理含无限延展体系的乱成键显示问题

zhangfaxue

体系中含有二氧化硅晶体建的固相以及水和一些表面活性剂分子，处理乱成键问题时尝试gmx trjconv连接-pbc mol出现二氧化硅固相移出盒子外面的现象，查阅发现原因是二氧化硅是无限延展的体系不可以连接pbc mol进行处理。于是选择-pbc atom发现处理结果依旧出现乱成键的问题，求助这种体系应该怎么处理？
gmx trjconv连接-pbc mol 处理结果：

-pbc atom 处理结果：

sobereva

用dynamic bonds方式显示
下文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

要么把轨迹分成slab和水两个部分的轨迹，对水的那个轨迹用-pbc mol处理，然后把两个轨迹一起载入一起显示