带有胍基的小分子的动力学模拟，发现在最小化的时候，小分子结构就发生的变形扭曲

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在跑带有胍基的分子动力学模拟的时候，发现在最小化的时候，小分子结构就发生的变形扭曲。想请教这种带有极性氢的结构该如何避免这种问题？谢谢大家。