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[GROMACS] 求助关于计算水滴与水层的质心距离

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各位老师好,我是GROMACS初学者,我做的是石油方向的油相与水的模型,在最近想复现的一个文献中,既有水层与油相形成的界面,又有油相中的水滴,电场作用下,水滴会向界面聚结,我想计算水滴与水层之间的质心距离,现在有一个疑问。
跪求大佬解答:我不知道这些水原子中,哪些属于水层里,哪些属于水滴里的,是需要再定义几个组吗,跪求大佬解答

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水层-水滴界面图

水层-水滴界面图

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准备定义的组

准备定义的组

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2#
发表于 Post on 2024-10-8 15:36:57 | 只看该作者 Only view this author
想问一下,原文献是什么呢?关于分组,可以用tcl脚本去识别,或者打开gro文件通过z轴坐标的不同,去区分液滴和油水界面的区别。

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