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[Molclus] genmer+molclus的方式做团簇构型,对于后续优化和计算能量方面的问题

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各位老师好,我根据http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html中的教程,设计了两种多糖单体分子的二聚体,现在需要对后续的构象进行优化,我准备用molclus调用MOPAC在PM6-DH+级别下进行半经验方法,然后按http://sobereva.com/214中提到的(体系中有116个原子)BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J方法进一步计算二聚体的结合能,这样设计可以吗。计算时长方面大概多长时间(因为不是计算专业的,用的是8核的拯救者笔记本)

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发表于 Post on 2024-9-20 05:35:07 | 只看该作者 Only view this author
BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J算相互作用能早过时了。ORCA用户用wB97M-V代替BLYP-D3

优化用PM6-DH+也太糙。GFN2-xTB或PM6-D3H4做预优化&初筛,然后B97-3c做正式优化还差不多

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-20 11:14:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-20 05:35
BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J算相互作用能早过时了。ORCA用户用wB97M-V代替BLYP-D3

优化用PM ...

好的谢谢老师,想再问下这两种方法耗时方面怎么样

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发表于 Post on 2024-9-20 12:28:52 | 只看该作者 Only view this author
Ajl 发表于 2024-9-20 11:14
好的谢谢老师,想再问下这两种方法耗时方面怎么样

不太清楚你的分子是什么类型的,这里以我个人的经验来说,如果你的分子是稠环为主的大共轭体系,最好直接用DFT方法做优化(毕竟一共只有两个分子),因为GFN2-xTB或PMX类半经验方法经常会把稠环大共轭体系优化的非常扭曲。另外半经验的方法基本只用于多个结构初筛,最终要用的结构至少也得用DFT方法优化过。

计算时间上
sob老师推荐的B97-3c方法我没有用过,但是印象中有帖子说开RIJ加速效果非常明显,8核笔记本也许可以。
结合能的话:100多个原子8核用ORCA结合 wB97X-V/def2-QZVPP(-g,-f) 算单点,开RI加速,再考虑笔记本的散热,我觉得至少3天起步吧 (我之前120个原子B3LYP-D3/def2-TZVP开RI加速,16核,也算了16个小时)

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发表于 Post on 2024-9-20 19:13:37 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-9-20 12:28
不太清楚你的分子是什么类型的,这里以我个人的经验来说,如果你的分子是稠环为主的大共轭体系,最好直接 ...

B97-3c是纯泛函级别,默认就开了RIJ,速度很快,而且比BLYP等纯泛函搭配def2-SVP档次基组结果更好

wB97X-V比wB97M-V算相互作用能精度更好,除非前者遇到难收敛之类情况,否则尽量用前者。如果def2-QZVPP(-g,-f)用不动,可以def2-TZVP结合gCP,我近期研究碳环与富勒烯相互作用的文章https://chemistry-europe.onlinel ... 1002/chem.202402227里牵扯到很大体系,就是用的wB97M-V/def2-TZVP+gCP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-22 16:46:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Ajl 于 2024-9-22 17:09 编辑
sobereva 发表于 2024-9-20 05:35
BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J算相互作用能早过时了。ORCA用户用wB97M-V代替BLYP-D3

优化用PM ...

老师 那用MOPAC PM6-D3H4初筛,随后wB97M-V/def2-TZVP+gCP下进一步优化,最后如果想计算结合能 和相互作用的话 应改再用哪些关键字组合进行计算呢 感谢老师

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发表于 Post on 2024-9-23 02:21:31 | 只看该作者 Only view this author
Ajl 发表于 2024-9-22 16:46
老师 那用MOPAC PM6-D3H4初筛,随后wB97M-V/def2-TZVP+gCP下进一步优化,最后如果想计算结合能 和相互作 ...

wB97M-V/def2-TZVP+gCP是用来算单点的,优化用B97-3c通常就够了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-24 21:15:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-23 02:21
wB97M-V/def2-TZVP+gCP是用来算单点的,优化用B97-3c通常就够了

谢谢老师 那用B97-3c大概优化一帧大概要多长时间呢,118个原子(超算服务器设置的pal64)

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发表于 Post on 2024-9-25 00:37:55 | 只看该作者 Only view this author
Ajl 发表于 2024-9-24 21:15
谢谢老师 那用B97-3c大概优化一帧大概要多长时间呢,118个原子(超算服务器设置的pal64)

不至于很久。具体取决于收敛是否顺利、初始结构,没法精确预判花费
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