构建金属氢氧化物吸附的簇时，究竟多大适合

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-20 06:47:44

本帖最后由 2877321934 于 2024-9-20 23:35 编辑

本人在做金属氢氧化物吸附小分子的课题，小分子很小，跟甲烷差不多大，计划使用簇模型用量化程序算，已知其反应机理为和氢氧化物表面的两个金属离子结合，如下图第一张图所示所框出的两个金属离子，下图分别为我构建的簇的俯视与侧视图

为了方便描述，我以xyz分别表示我扩展我将下载来的cif晶胞的复制延展方向(Y和Z方向在俯视图中标出），为了使金属离子露出结合位点以符合计算需求，我在y方向共延展了2次，往z方向扩展了5次，x方向没有扩展，所以总共是3*6=18个晶胞，总共250多个原子，考虑到这样计算量比较大，我的吸附分子又比较小，用这么大面积的簇感觉有点杀鸡用牛刀，打算把y和z方向删掉点晶胞，不过我由于没有簇模型的使用经验，我也不确定我构建如此大的吸附表面会不会多此一举，是否需要删掉些。同时，x方向没有扩展，相当于簇只有一层（如侧视图即第二张图所示），一层能够定性合理描述吗？所以我现在在考虑要不要往x方向延展一次，z和y方向适当删掉些晶胞。我的计算资源为8*56CPU核心服务器。希望得到指点。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-9-20 10:05:24

建议使用CP2K/QE/VASP进行二维或三维周期性的DFT计算。

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-20 17:07:17

本帖最后由 2877321934 于 2024-9-20 23:33 编辑

zjxitcc 发表于 2024-9-20 10:05
建议使用CP2K/QE/VASP进行二维或三维周期性的DFT计算。

我也觉得CP2K更适合，但是目前我对第一性原理程序没有丝毫知识，课题又比较急，手头上的计算资源我认为足够支撑团簇模型的量化计算，所以还是打算用量化计算。

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[综合交流] 构建金属氢氧化物吸附的簇时，究竟多大适合