leap构建溶剂盒子时显示部分残基没有力场，应该如何解决

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-20 19:19:01

各位老师，我首先用packmol将聚合物和酶放在一个盒子内，然后再进行溶剂化，但是溶剂化的过程中显示我自己构建的聚合物缺少部分信息，我应该如何处理，是不是我的步骤有问题

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-20 21:58:23

本帖最后由 student0618 于 2024-9-21 01:40 编辑

力场没的话有没有给相应文件？例如文献或者其他资料库给的lib/frcmod/prep，或者是自己用antechamber 或sobtop准备的。或者已知力场内有，但要改一下pdb的残基名或原子名。

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-21 10:32:42

student0618 发表于 2024-9-20 21:58
力场没的话有没有给相应文件？例如文献或者其他资料库给的lib/frcmod/prep，或者是自己用antechamber 或sob ...

谢谢老师解答，我的体系是聚合物+水+酶，是我用antechamber同时将聚合物和酶构成的体系构建力场吗，Pdb残基名的修改要注意些什么地方呢

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-21 12:06:53

本帖最后由 student0618 于 2024-9-21 12:12 编辑

酶是标准胺基酸的话leaprc.protein.ff19SB 或leaprc.protein.ff14SB等都有参数的。
要补的是没参数的残基，具体做法可参考Amber官网教程有关的页面。小分子-蛋白的话可参考https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/index.php 不过要注意教程自提供流程，蛋白力场建议用新的而不是教程中用的。

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-23 12:35:22

本帖最后由肖安炜于 2024-9-23 12:36 编辑

student0618 发表于 2024-9-21 12:06
酶是标准胺基酸的话leaprc.protein.ff19SB 或leaprc.protein.ff14SB等都有参数的。
要补的是没参数的残基 ...

老师，用antechamber获得的frcmod文件打开后没有信息是正常的吗

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