老师要求10000左右组一台服务器要求能跑comsol、MS

sss668800 · 发表于 Post on 2024-9-24 17:53:59

本帖最后由 sss668800 于 2024-9-24 19:31 编辑

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 16:16
多核心并行的边际效应根本原因的RAM带宽，只要有足够的RAM带宽，scale-up到192核以上都有性能提升，例如 ...

如果带宽需求量极其高，那么AMD的3D Cash处理器会有极高的提速效果。
像你这里的Gaussian如果用双路9684x会比9654提升一大截，我不知道你那边有没有测试过双路9684x

但是COMSOL里面，实测看到别人的7950x3d速度比我的7950x还慢了一点（内存7950x3d平台是6400，我的是6000），导致有些人说x3d没用：
AMD 7950X 3D，32Gx2（6400MHz）。迭代4min0s，直接23min21s。
虽说7950x3d有个die的频率低了点，但是如果带宽不够(按8核100G/s，16核200G/s，DDR5 6000双通道远远到不了这个值)，或多多少能体现出来性能优势。

主要是网格化那步，按说Cashe大，内存带宽大，能体现出来。

sss668800 · 发表于 Post on 2024-9-24 19:30:24

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 05:43
一年前测过comsol，这是个非常夸张的“A黑软件”，同时对RAM带宽有极端的需求，太多的CPU核用处不大。

1 ...

还有，你说的“A黑软件”，是什么意思？

我看不少人买AMD的服务器平台

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-9-24 20:06:15

sss668800 发表于 2024-9-24 17:45
我不知道如何监视RAM带宽到底是否出现瓶颈，但我认为RAM带宽是足够的。
你可以看看我的傲腾P4800x测试结 ...

把你的单路6248R上的6条DIMM拆下来2条再测试，就能直观感受到RAM带宽的影响

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-9-24 20:17:20

sss668800 发表于 2024-9-24 17:53
如果带宽需求量极其高，那么AMD的3D Cash处理器会有极高的提速效果。
像你这里的Gaussian如果用双路9684 ...

“缓存”的英语翻译是“cache”。

AMD 3D V-Cache对于Gaussian的性能增益为10-15%。

建议所有测试都在Linux下进行，通过Slurm、numactl或其他手段精准控制CPU-Affinity，对测试平台控制变量，这样的测试才有意义。

comsol支持的求解方法非常多，对硬件性能的需求特点各异，不同的体系大小对于硬件性能的需求特点也不一样。在体系本身足够大、算法本身并行化足够充分的情况下，RAM带宽是制约并行计算scaling效率的主要因素。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-9-24 20:25:59

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-9-24 20:27 编辑

sss668800 发表于 2024-9-24 19:30
还有，你说的“A黑软件”，是什么意思？

我看不少人买AMD的服务器平台

在我的有限测试中，Xeon 8375C的8核比EPYC 9654的8核快50%以上。后来意识到也许是因为MKL没有正确调用AVX和AVX2扩展指令集，但我没有进一步使用MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5重新测试，因为我的研究领域周边完全用不到comsol。如果你可以在固定RAM带宽的情况下测试出通用基准测试（如SPEC2017、GeekBench5等）中per-core性能接近的AMD CPU和Intel CPU使用相同核心数量运行相同case的速度差异，community会非常感激你。

sss668800 · 发表于 Post on 2024-9-24 21:01:47

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 20:06
把你的单路6248R上的6条DIMM拆下来2条再测试，就能直观感受到RAM带宽的影响

嗯，我抽空试试，这台现在主要跑COMSOL停不下来

sss668800 · 发表于 Post on 2024-9-24 21:19:22

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 20:25
在我的有限测试中，Xeon 8375C的8核比EPYC 9654的8核快50%以上。后来意识到也许是因为MKL没有正确调用AVX ...

我们这边COMSOL都在Windows下面跑的，测试确实不严谨，没精确控制变量。

xeon 3代比epyc 4代快这么多，十有八九是调用指令集差役，其他原因我也想不到。

wuyileiju · 发表于 Post on 2024-9-24 23:08:20

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 05:43
一年前测过comsol，这是个非常夸张的“A黑软件”，同时对RAM带宽有极端的需求，太多的CPU核用处不大。

1 ...

今天和老师苦口婆心地说了下，将预算提高到了15000，并且好像对ms的需求也不算太大，想了下能不能就是先将经费倾向于cpu上，然后因为老师一定要三年质保，所以我现在只找了淘宝比较大的店，这套配置您看可以吗？思路是一个未来可期，就是目前最起码保证comsol是没有压力的。CPU  AMD 霄龙 7542 32核心 64线程
散热器  朴赛风冷散热器
主板  AMD双路工作站主板
内存  三星 RECC DDR4 32GB 3200HZ 4根
硬盘  1T M.2 NVME固态
显卡  无（后期可加装）
电源  1650w金牌电源
规格  朴赛塔式服务器机箱

价钱  14400

wuyileiju · 发表于 Post on 2024-9-24 23:13:48

sobereva 发表于 2024-9-24 04:11
用M$就别指望速度了，M$支持GPU加速的只有动力学模块forcite，然而其速度只有免费的gromacs等主流动力学 ...

sob老师，我们课题组是做电池方面的，gromacs不是很了解，查了下好像是多用于生物大分子的，其他课题组的好像也多是用ms，所以不确定gromacs能不能做，然后老师给预算多提到了15000，并且问了下，目前对ms的需求没那么高，优先级在comsol这，那找cpu好的服务器的话，好像推荐的价位没有比较靠近的。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-9-24 23:35:24

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-9-24 23:36 编辑

wuyileiju 发表于 2024-9-24 23:08
今天和老师苦口婆心地说了下，将预算提高到了15000，并且好像对ms的需求也不算太大，想了下能不能就是先 ...

DIMM太少了，CPU的per-core性能太差，尤其是Zen2的核间互联也很差，实际速度可能还不如几千元的14700K + 2*32G 6400。

如果你们组刚好需要买PC，我还是建议用消费级平台，性价比最高。以后搞清楚自己的需求了再买正经服务器也不迟。

一定要现在买，起码把预算提高到2万的水平，买个单路LGA4189平台，例如单路8575C + 8*32G DDR5 5600MT/s

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-25 00:42:54

wuyileiju 发表于 2024-9-24 23:13
sob老师，我们课题组是做电池方面的，gromacs不是很了解，查了下好像是多用于生物大分子的，其他课题组的 ...

gromacs能干什么，看http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html这页里 “附：GROMACS是什么？适合模拟什么？”
你对GROMACS的认识99%错误

wuyileiju · 发表于 Post on 2024-9-25 23:39:33

sobereva 发表于 2024-9-25 00:42
gromacs能干什么，看http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html这页里 “附：GROMACS是什么？适 ...

了解到了，谢谢sob老师，我去学习一下。

wuyileiju · 发表于 Post on 2024-9-25 23:41:35

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 23:35
DIMM太少了，CPU的per-core性能太差，尤其是Zen2的核间互联也很差，实际速度可能还不如几千元的14700K + ...

有道理，那我还是跟老师说买组pc吧，但是我不太清楚14700会不会有问题，之前有听到过14700缩缸的风险

doublezhang · 发表于 Post on 2024-9-26 11:12:05

这个预算
勉强可以双路7K62 96核 512GB内存
也可以拿一个四节点双路6140 4 * 40核 128GB内存

abin · 发表于 Post on 2024-9-26 12:45:08

Zen3架构, 至少能用.
Zen2这种垃圾, 就不要再折腾了.

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[配置讨论] 老师要求10000左右组一台服务器要求能跑comsol、MS