在进行NPT平衡时，报错：150 atoms are not part of any of the T-Coupling groups

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-23 09:36:59

我将上一个模型的gro文件当作一个新的模拟的gro文件，这个文件里有蛋白质，钙离子，氯离子，我通过insert-molecules命令添加了30个磷酸根离子（PO4），能够正常进行能量最小化，但是输入gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o npt.tpr准备进行npt平衡，提示150 atoms are not part of any of the T-Coupling groups。我应该怎么解决呢？

dzdhp · 发表于 Post on 2024-9-23 09:59:16

三五一百五，这不明摆着吗，你没把插进去的磷酸根加到控温组，创一个index文件把它加到你的Non-Protein组里，ndx怎么耍去看手册。

Mary_p · 发表于 Post on 2024-9-25 11:40:37

你好解决了吗？我也遇到了相同的问题

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-25 18:32:13

Mary_p 发表于 2024-9-25 11:40
你好解决了吗？我也遇到了相同的问题

解决了，是我的mdp文件里，组合选错了，改成protein Non-Protein就可以了

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[GROMACS] 在进行NPT平衡时，报错：150 atoms are not part of any of the T-Coupling groups

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