求助gromacs分子动力学模拟蛋白和ssDNA复合物

AaronBlacknine · 发表于 Post on 2024-9-23 13:02:05

想使用gromacs进行一个蛋白和80nt ssDNA的分子动力学模拟，请问流程是否和蛋白配体的流程一致，需要模拟的时间是最好大于500ns吗？本人是初学，对于很多条件不太清晰，请各位老师直到

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-23 13:49:32

本帖最后由 student0618 于 2024-9-23 13:53 编辑

不同体系都会不同的，模拟目的不同需要用的时间也不同(例如：模拟结合过程显然比模拟一个已知binding mode需时更长)。没文献的话就自己试。
初始结构是晶体结构还是预测的、蛋白大小、是否有其他Cofactors都会影响。

AaronBlacknine · 发表于 Post on 2024-9-23 13:53:56

student0618 发表于 2024-9-23 13:49
不同体系都会不同的，模拟目的不同需要用的时间也不同(例如：模拟结合过程显然比模拟一个已知binding mode ...

谢谢回答

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