求助：ONIOM优化后，怎么在中心分子周围快速选择环境分子

phosphorescence · 发表于 Post on 2024-9-24 21:52:54

各位老师好，使用高斯的ONIOM方法优化了基态构型，在优化后的构型中，想要选择距离中心分子（QM部分）最近的环境分子用来分析分子间相互作用。自己只能一个个删除分子，很麻烦而且很容易出错，想知道应该怎么样快速选择。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-24 22:09:34

恰当利用gview的tools - atom selection，里面可以根据距离或成键关系选择特定范围

phosphorescence · 发表于 Post on 2024-9-25 11:30:43

sobereva 发表于 2024-9-24 22:09
恰当利用gview的tools - atom selection，里面可以根据距离或成键关系选择特定范围

感谢老师的建议，已经解决问题了

phosphorescence · 发表于 Post on 2024-9-25 20:14:24

sobereva 发表于 2024-9-24 22:09
恰当利用gview的tools - atom selection，里面可以根据距离或成键关系选择特定范围

老师您好，我在使用vmd显示弱相互作用时，只有这一个二聚体出现了如图所示的情况，别的二聚体都是正常显示，请问这应该怎么办？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-25 22:31:50

phosphorescence 发表于 2024-9-25 20:14
老师您好，我在使用vmd显示弱相互作用时，只有这一个二聚体出现了如图所示的情况，别的二聚体都是正常显 ...

别让我猜你想问什么

phosphorescence · 发表于 Post on 2024-9-26 08:51:21

sobereva 发表于 2024-9-25 22:31
别让我猜你想问什么

不好意思老师，是我没有描述清楚。
我想要问的是，在VMD窗口中，输入source IGM_inter.vmd后，应该显示正常分子构型和按照元素着色的（一个苯环加五元环），但是现在原子之间胡乱成键了（如上图所示），并且整体显示同一个颜色，而不是和407帖子中那样显示的按照元素着色。只有这一个二聚体是这样，别的二聚体都正常。请问这应该怎么调整。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-27 00:13:58

phosphorescence 发表于 2024-9-26 08:51
不好意思老师，是我没有描述清楚。
我想要问的是，在VMD窗口中，输入source IGM_inter.vmd后，应该显示 ...

手动载入cub文件，看显示的结构是什么样。如果也是堆叠在一起，肯定是计算流程有严重问题
并且确保VMD目录下之前的文件已经清理掉了

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