求甲烷在水中扩散系数数据离谱

hzx

各位大神，我想问一下，我模拟甲烷在水中求扩散系数，选用200个甲烷原子和3000个tip4p-ice水分子，在4*4*10nm,力场选择的是opls-ua，模拟时间100ns后50ns用于分析，用gromacs算msd求斜率/6算扩散系数模拟结束后，甲烷扩散系数与文献比大了10倍，大约是2.897*10-4，水是9.625*10-6，数都很离谱，
1.想问问什么原因

2.老师让我扩大体系，说你自己按现在平衡后的结果估计一下扩大之后分子的数量，然后进行扩大，看potential energy达到平衡（平衡值）想问大概什么意思，是potential趋于平衡就行了吗，这个意思吗？
望大神解答

牧生

甲烷与水分离，形成气液两相以后，就不是甲烷在水中扩散了

hzx

牧生 发表于 2024-9-25 10:40
甲烷与水分离，形成气液两相以后，就不是甲烷在水中扩散了

大神，我新手不太能理解你的意思，我该怎么修改比较好，或者什么思路来做这个求扩散系数

dzdhp

hzx 发表于 2024-9-25 14:22
大神，我新手不太能理解你的意思，我该怎么修改比较好，或者什么思路来做这个求扩散系数

意思是让你少放点甲烷，聚一起去单独都成气相了，本来甲烷在水里溶解度就低的可怜，你才放3000水分子，却放了200个甲烷，都溢出了，就跟烧开水那个气泡从水里出来一样，够直观吗。你看看你参考的文献人家模型里水喝甲烷的比例是多少。3000水放一两个甲烷应该差不多