求助：短肽自组装纳米管如何建模

Senn · 发表于 Post on 2024-9-25 11:43:04

本帖最后由 Senn 于 2024-9-25 16:47 编辑

我的结构是这种反式β折叠的多肽堆叠形成的纳米管状结构。现在已经构建了单个短肽的结构，请问怎么建模才能将单个分子按照图上这种结构构建环形矩阵，然后再堆叠成管。packmol是不是不太好弄。

Senn · 发表于 Post on 2024-9-25 19:44:25

通过一个笨办法解决了，用multiwfn变换坐标到原点，让β折叠方向与Z轴平行，先挨个旋转，得到xyz文件之后，把xyz坐标放到一个文件里，得到一个环，然后再从Z轴上不断往上叠加。。。。。如果有大佬有好办法生成这类矩阵结构的通用方法，回复一下我学习一下。谢谢

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[综合交流] 求助：短肽自组装纳米管如何建模