使用简单的python代码绘制能量折线图

chuan437 · 发表于 Post on 2024-9-26 14:33:39

本帖最后由 chuan437 于 2024-9-28 11:06 编辑

今天这里介绍一段很简单的python代码来绘制能量折线图。

脚本使用说明：
这里最需要注意的是设置list0，其中存储了你的一系列能量。
出图的效果如下图，其中有些设置（例如线型，颜色等）可参照注释自行调整。

代码见附件，绘制能量折线图.py。推荐在jupyter notebook中运行该脚本。
代码如下：

import matplotlib.pyplot as plt
# 假设list0是你的能量列表
list0 = [-685.2534481,-685.3582154,-685.253315]
# 对list0进行处理，得到绘图采用的list1
list1=[]
for i in list0:
list1.append(i)
list1.append(i)
# 反应坐标，例如，可以是反应进度或者时间
# 这里我们使用索引作为反应坐标
reaction_coordinates = list(range(len(list1)))
h=(max(list0)-min(list0))*0.05
# 绘制能量折线图
plt.figure(figsize=(10, 5)) # 设置图形的大小
# 绘制连接平台的折线
plt.plot(reaction_coordinates, list1, marker='o', color='red', linestyle='--',label='Energy Change')
# 绘制平台
reaction_coordinates1=[i+1 for i in reaction_coordinates]
for i in range(len(list1)-1):
if i % 2 == 0:
plt.hlines(list1[i], reaction_coordinates[i], reaction_coordinates1[i], lw=5, color='black', label='Energy Level' if i==0 else "")
plt.text(reaction_coordinates[i]+0.5,list1[i]-h, f'{list1[i]:.5f}', ha='center', va='top')
plt.ylim(min(list1) - 5*h, max(list1) + 5*h)
plt.grid(True) #显示网格线
plt.xlabel('Reaction Coordinate') # 设置x轴标签
plt.xticks([])
plt.ylabel('Energy (Hatree)') # 设置y轴标签
plt.legend() # 显示图例
# plt.tight_layout() # 自动调整子图参数，使之填充整个图像区域
plt.show() # 显示图形

复制代码

renzhogn424 · 发表于 Post on 2024-9-26 21:10:17

我试了下，能画出来，不过会报错，不知道哪里不对。
---> 25       plt.hlines(list1, reaction_coordinates, reaction_coordinates+1, lw=5, color='black', label='Energy Level' if i==0 else "")
   26       plt.text(reaction_coordinates+0.5,list1-h, f'{list1:.5f}', ha='center', va='top')
   28 plt.ylim(min(list1) - 5*h, max(list1) + 5*h)

TypeError: can only concatenate list (not "int") to list

chuan437 · 发表于 Post on 2024-9-27 07:39:57

renzhogn424 发表于 2024-9-26 21:10
我试了下，能画出来，不过会报错，不知道哪里不对。
---> 25 plt.hlines(list1, reaction_coordin ...

有可能是python或matplotlib版本的问题，我机器上运行没有这个错误

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-27 09:04:06

renzhogn424 发表于 2024-9-26 21:10
我试了下，能画出来，不过会报错，不知道哪里不对。
---> 25 plt.hlines(list1, reaction_coordin ...

从报错的信息来看，可能你输入的不是列表，而是单个整数值

chuan437 · 发表于 Post on 2024-9-28 10:03:26

本帖最后由 chuan437 于 2024-9-28 10:31 编辑

社长你好：

我仔细检查了一下，我发现把代码复制到帖子里时，中括号和其内部的内容被自动删除了。这是代码出现错误的原因。
请问这是为什么？

王二葛 · 发表于 Post on 2024-9-28 10:52:13

点“<>”图标插入代码

import matplotlib.pyplot as plt
# 假设list0是你的能量列表
list0 = [-685.2534481,-685.3582154,-685.253315]
# 对list0进行处理，得到绘图采用的list1
list1=[]
for i in list0:
list1.append(i)
list1.append(i)
# 反应坐标，例如，可以是反应进度或者时间
# 这里我们使用索引作为反应坐标
reaction_coordinates = list(range(len(list1)))
h=(max(list0)-min(list0))*0.05
# 绘制能量折线图
plt.figure(figsize=(10, 5)) # 设置图形的大小
# 绘制连接平台的折线
plt.plot(reaction_coordinates, list1, marker='o', color='red', linestyle='--',label='Energy Change')
# 绘制平台
reaction_coordinates1=[i+1 for i in reaction_coordinates]
for i in range(len(list1)-1):
if i % 2 == 0:
plt.hlines(list1[i], reaction_coordinates[i], reaction_coordinates1[i], lw=5, color='black', label='Energy Level' if i==0 else "")
plt.text(reaction_coordinates[i]+0.5,list1[i]-h, f'{list1[i]:.5f}', ha='center', va='top')
plt.ylim(min(list1) - 5*h, max(list1) + 5*h)
plt.grid(True) #显示网格线
plt.xlabel('Reaction Coordinate') # 设置x轴标签
plt.xticks([])
plt.ylabel('Energy (Hatree)') # 设置y轴标签
plt.legend() # 显示图例
# plt.tight_layout() # 自动调整子图参数，使之填充整个图像区域
plt.show() # 显示图形

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