使用gmx_MMPBSA进行GB计算总是出现String index out of range报错

12313 · 发表于 Post on 2024-9-27 12:27:29

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，之前在使用gmx_MMPBSA对复合物进行GB计算时，总是出现“String index out of range"字样的报错，想问一下这种情况该如何解决？

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-27 12:45:00

大概率是index取错了

12313 · 发表于 Post on 2024-9-27 13:38:04

Loading0760 发表于 2024-9-27 12:45
大概率是index取错了

请问您说的是index.ndx文件吗？

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-27 14:30:30

12313 发表于 2024-9-27 13:38
请问您说的是index.ndx文件吗？

你的输出文件可以放一下，输出文件可以看到具体第几步出错。我之前遇到过一样的问题，原因是：命令行指定的index组不对，也就是index.ndx文件内的。

12313 · 发表于 Post on 2024-9-27 14:50:43

Loading0760 发表于 2024-9-27 14:30
你的输出文件可以放一下，输出文件可以看到具体第几步出错。我之前遇到过一样的问题，原因是：命令行指定 ...

谢谢老师

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-27 15:04:12

你的配体选的是第18个组，看名称像是蛋白质？

12313 · 发表于 Post on 2024-9-27 15:21:57

Loading0760 发表于 2024-9-27 15:04
你的配体选的是第18个组，看名称像是蛋白质？

其实是一小段多肽序列，作为配体部分

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-27 15:37:50

12313 发表于 2024-9-27 15:21
其实是一小段多肽序列，作为配体部分

那就可能是软件的问题，检查一下ParmEd的版本，试试ParmEd3.4
这里提到的https://groups.google.com/g/gmx_mmpbsa/c/j3IeqWe3jQI?pli=1

12313 · 发表于 Post on 2024-9-27 15:55:05

好的谢谢老师。此外，我该如何查询自己机子上的PharmEd版本呢？

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-27 16:19:33

12313 发表于 2024-9-27 15:55
好的谢谢老师。此外，我该如何查询自己机子上的PharmEd版本呢？

pip list|grep ParmEd

12313 · 发表于 Post on 2024-9-27 16:26:53

Loading0760 发表于 2024-9-27 16:19
pip list|grep ParmEd

谢谢老师

FDGDF · 发表于 Post on 2024-9-28 14:11:43

12313 发表于 2024-9-27 13:38
请问您说的是index.ndx文件吗？

没懂，可以详细说一下吗

12313 · 发表于 Post on 2024-9-28 17:54:17

FDGDF 发表于 2024-9-28 14:11
没懂，可以详细说一下吗

index.ndx是进行gromacs时生成的分组索引文件

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[GROMACS] 使用gmx_MMPBSA进行GB计算总是出现String index out of range报错