计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 172|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 如何判断周期性催化剂和溶液中OH-离子谁优先攻击反应物的亲核位点?

[复制链接 Copy URL]

128

帖子

0

威望

611

eV
积分
739

Level 4 (黑子)

各位老师好,我通过静电势和福井势等预测出有机物(图一)的亲核位点是酚羟基的氢分子,我的反应条件是CaO催化剂(图二)和水溶液,因为催化剂的周期性结构不能计算出具体的静电势数值,所以我想请问一下该怎么验证催化剂和溶液中的OH-谁更倾向于攻击有机物的亲核位点?望懂的老师指点一下,在此非常感谢!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-9-28 23:46:12 | 只看该作者 Only view this author
酚羟基的氢分子 是什么鬼
"催化剂和溶液中的OH-" CaO催化剂哪里有OH-?
原理上可以算原子电荷对比,但说服力远不如直接算势垒
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

128

帖子

0

威望

611

eV
积分
739

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-1 00:13:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-28 23:46
酚羟基的氢分子 是什么鬼
"催化剂和溶液中的OH-" CaO催化剂哪里有OH-?
原理上可以算原子电荷对比,但说 ...

口误,亲核位点是酚羟基上的H原子,这个H原子可能被CaO催化剂的氧脱去,也可能被溶液中OH-离子脱去,我想判断倾向哪一种?如果算势垒的话是不是分别计算反应物与催化剂吸附后脱质子的势垒(不加OH-)和反应物与OH-脱质子的势垒(不加催化剂),然后比较势垒大小就可以了?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-10-1 00:20:09 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2024-10-1 00:13
口误,亲核位点是酚羟基上的H原子,这个H原子可能被CaO催化剂的氧脱去,也可能被溶液中OH-离子脱去,我想 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

128

帖子

0

威望

611

eV
积分
739

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-10 10:10:53 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,我分别对上面两种情况进行结构优化,两种情况在优化后催化剂的O和氢氧根的O都把酚羟基的H原子脱去,请问这是两种情况都是无势垒的反应吗?如果是的话,那我又该怎么比较H原子更倾向于催化剂还是OH-?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2024-10-11 18:56:58 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2024-10-10 10:10
sob老师,我分别对上面两种情况进行结构优化,两种情况在优化后催化剂的O和氢氧根的O都把酚羟基的H原子脱 ...

是不是无势垒做个势能面扫描,或者看是否能从反应物状态的结构直接优化到产物便知(结合小步长上限时)
如果没有势垒,从彼此接触的难度/频率、浓度、扩散等方面考虑差异
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

128

帖子

0

威望

611

eV
积分
739

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-12 21:14:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-11 18:56
是不是无势垒做个势能面扫描,或者看是否能从反应物状态的结构直接优化到产物便知(结合小步长上限时)
...

sob老师,我计算的这两种情况就是在结构优化的过程中酚羟基的H原子就自然的被催化剂的O和氢氧根的O脱去了,这已经能说明这两种情况脱H是无势垒的过程了吧。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-10-16 20:21:21 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2024-10-12 21:14
sob老师,我计算的这两种情况就是在结构优化的过程中酚羟基的H原子就自然的被催化剂的O和氢氧根的O脱去了 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

128

帖子

0

威望

611

eV
积分
739

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-22 21:03:15 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,那还有其他的办法比较吗?还是说这样就没有办法比较H原子更倾向于谁了

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2024-10-22 23:47:38 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2024-10-22 21:03
sob老师,那还有其他的办法比较吗?还是说这样就没有办法比较H原子更倾向于谁了

试图从自由能变化角度讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

128

帖子

0

威望

611

eV
积分
739

Level 4 (黑子)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-23 09:13:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-22 23:47
试图从自由能变化角度讨论

sob老师,就是用“产物的自由能-催化剂自由能-有机物自由能”这个差值来讨论是吧?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2024-10-23 12:07:30 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2024-10-23 09:13
sob老师,就是用“产物的自由能-催化剂自由能-有机物自由能”这个差值来讨论是吧?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

128

帖子

0

威望

611

eV
积分
739

Level 4 (黑子)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-23 16:58:48 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 10:01 , Processed in 0.191473 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list