柔性扫描前期总是优化回初始结构，势能面图该怎么作？

wal · 发表于 Post on 2024-9-29 11:12:47

本帖最后由 wal 于 2024-9-30 18:17 编辑

想扫一个像这篇文献一样的的PES图，我扫的结构跟他的差不多，旋转基团也是7号位的二甲胺基。
我先尝试用opt=modr来扫：

扫了一个S1的，一个S2的，发现在扫描前期总是会优化回近平面结构，甚至第6个结构，扫的那个二面角才从0度跑到14度。编辑：该问题已解决，是我量了另一个甲基的二面角导致的
想问一下老师们，这种PES图一般来说是直接取冗余内坐标柔性扫描结果作图的吗？然后像我这种前期一直转不动的，我是不是应该手动调整二面角，然后冻结角度优化，再取能量做图比较好？

scanS2-wb.zip (1.78 MB, 下载次数 Times of downloads: 7)

imasen · 发表于 Post on 2024-9-30 09:12:38

本帖最后由 imasen 于 2024-9-30 09:18 编辑

你应该是量错二面角了

wal · 发表于 Post on 2024-9-30 11:26:38

imasen 发表于 2024-9-30 09:12
你应该是量错二面角了

检查了一下是哦我好像量的是另一个甲基
那么这种情况可以直接取scan能量曲线作图吗

imasen · 发表于 Post on 2024-9-30 12:19:13

wal 发表于 2024-9-30 11:26
检查了一下是哦我好像量的是另一个甲基
那么这种情况可以直接取scan能量曲线作图吗

你的能量曲线很不平滑，结构有突变。结合你附的图，我觉得文献中应该是刚性扫描。

wal · 发表于 Post on 2024-9-30 18:05:44

imasen 发表于 2024-9-30 12:19
你的能量曲线很不平滑，结构有突变。结合你附的图，我觉得文献中应该是刚性扫描。

也不排除这种可能，我过两天发个邮件叨扰一下作者吧

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-9-30 18:34:04

wal 发表于 2024-9-30 18:05
也不排除这种可能，我过两天发个邮件叨扰一下作者吧

不如先做一个刚性扫描看看，能不能对的上

wxyhgk · 发表于 Post on 2024-9-30 18:41:43

自己搞了下没啥问题，和文献一致

wal · 发表于 Post on 2024-10-2 18:48:13

本帖最后由 wal 于 2024-10-2 18:49 编辑

wxyhgk 发表于 2024-9-30 18:41
自己搞了下没啥问题，和文献一致

老师你的输入输出文件可以给我看一下嘛

感觉是不是我哪里细节出了问题
另外老师画图的是什么软件呀，看着怪好看的

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[Gaussian/gview] 柔性扫描前期总是优化回初始结构，势能面图该怎么作？

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