与标准残基相比少了一个H原子，我还能用这个标准残基吗

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-30 21:31:14

我的一个残基与LYS相比，N原子上只有一个H；还能使用标准的残基模型吗？

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-30 21:50:29

Lys的side-chain pKa为10.5，一般来说Lys在水中pH 7时是有三个H的。如果预测他pKa较低或是特定环境要用只有两个H的残基要看力场定义改残基名，如amber力场的LYN，再用leap(amber)/pdb2gmx(gromacs)生成拓朴。

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-30 22:04:23

student0618 发表于 2024-9-30 21:50
Lys的side-chain pKa为10.5，一般来说Lys在水中pH 7时是有三个H的。如果预测他pKa较低或是特定环境要用只有 ...

我的只有一个H；是不是就不能用了

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-30 22:25:24

本帖最后由 student0618 于 2024-9-30 22:33 编辑

为什么会只有一个H? N连接其他残基吗？是的话当然不能用标准的。看看选用的力场有没有相关拓朴，我没仔细查过，没就要自己建了。

还有提醒一下标题和一楼的内文不符。标题写少了一个H所以我误以爲有两个，内文却是只有一个H。

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[蛋白质建模] 与标准残基相比少了一个H原子，我还能用这个标准残基吗