VMD中计算RMSD衡量结构间的几何偏差的问题

叫我易小星 · 发表于 Post on 2017-1-7 11:10:15

在VMD中衡量结构间的几何偏差时出现以下问题：坐标文件里放3帧结构，显示前两帧比较正常，但第三帧也显示出来时就出现了第二张图那种情况，而单独把第三帧拖进VMD里显示是正常的，请教一下这是什么原因，怎么避免这种问题？

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-7 12:09:20

文件传上来看看

叫我易小星 · 发表于 Post on 2017-1-7 15:39:18

sobereva 发表于 2017-1-7 12:09
文件传上来看看

T1.xyz (3.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

S-T.xyz (9.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-7 22:33:22

我需要的是没有经过align的包含三帧的结构文件

建议你先检查一下前两帧和第三帧原子顺序什么的是否对应，如果不对应的话，align之后肯定会乱掉。

叫我易小星 · 发表于 Post on 2017-1-9 11:09:29

sobereva 发表于 2017-1-7 22:33
我需要的是没有经过align的包含三帧的结构文件

建议你先检查一下前两帧和第三帧原子顺序什么的是否对应 ...

Sob老师，我的坐标文件拖进VMD里，还没进行align时分子结构就已经乱了，我能想到的各种办法都试了还是不行，检查了这三帧原子顺序也没发现问题，

2.xyz (9.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) PS：没经过align和经过align的结构文件好像没变化啊

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-9 11:27:53

叫我易小星发表于 2017-1-9 11:09
Sob老师，我的坐标文件拖进VMD里，还没进行align时分子结构就已经乱了，我能想到的各种办法都试了还是不 ...

你用dynamic bonds风格显示就没事了
当前情况是因为前两帧和第三帧原子不对应，具体怎么导致的没具体细节没法说，流程只有你清楚。VMD是根据第一帧判断连接关系的，所以原子不对应，到了第三帧就会看到乱连键

叫我易小星 · 发表于 Post on 2017-1-9 11:37:37

OK,谢谢Sob

jackie · 发表于 Post on 2017-2-12 10:15:59

这个vmd显示没研究过，但我之前用discovery studio和chem3d显示pdb格式结构时候也发生了类似问题，但用别的有些软件如Gaussview显示同一个结构就没问题。后来找出问题出来的原因是，有些软件如ds对pdb格式文件里的坐标格式每个空位都有严格的要求，即每个量都必须在正规定义的字符位上，多空一格少空一格就会导致原子错排现象。这个思路希望也能帮到你

叫我易小星 · 发表于 Post on 2017-2-13 11:15:56

jackie 发表于 2017-2-12 10:15
这个vmd显示没研究过，但我之前用discovery studio和chem3d显示pdb格式结构时候也发生了类似问题，但用别的 ...

嗯嗯，谢谢你

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