用VMD绘制CP2K标志

Uus/pMeC6H4-/キ

实验室超算排队等得无聊，翻CP2K手册发现头图的标志是由三层共54*3=162个原子摆成的"CP2K"字样，每层结构如下所示，x和y方向原子间距比约1:1.4。原子显示为橙色圆球，从手册的图标取得颜色#FF6000，换算成RGB为(255/255, 96/255, 0/255)。

1. 
   
2. ****.****......*..*
   
3. *....*..*.****.*.*.
   
4. *....*..*....*.**..
   
5. *....****....*.**..
   
6. *....*....****.*.*.
   
7. ****.*....*....*..*
   
8. ..........*........
   
9. ..........****.....
   

复制代码

写出原子模型到.xyz文件，如附件1。
cp2k-logo.xyz (2.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2024-10-10 19:04 上传 Uploaded

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附件1：cp2k的logo原子模型

导入VMD后输入下述指令：

1. 
   
2. display rendermode GLSL
   
3. display projection perspective
   
4. display depthcue off
   
5. color Display Background white
   
6. axes location off
   
7. color change rgb 79 1.0 [expr double(96)/255] 0.0
   
8. color Element Au 79
   
9. atomselect 0 "all"
   
10. atomselect0 set radius 0.82
    
11. mol modstyle 0 0 VDW 1.0 12
    
12. mol modcolor 0 0 element
    
13. mol modmaterial 0 0 Glossy
    
14. material change shininess Glossy 1.00
    
15. material change ambient Glossy 0.25
    
16. material change diffuse Glossy 0.40
    
17. light 1 off
    
18. light 1 pos {-0.2 0.1 1.0}
    
19. light 1 on
    
20. light 2 off
    
21. light 2 pos {-0.2 0.1 1.0}
    

复制代码

最后几步的指令除改变明暗外还调节了Glossy材质高光的位置，光源开关的顺序有讲究。
输完指令，旋转缩放找一个合适视角，用Tachyon渲染出24位bmp，转存为png，获得图1所示的效果。

如想更还原，可能需要PS精修或再细调材质、颜色、景深等。另外VMD显示中透视视角的消失点似乎与原标志的不一致，但是尚不清楚怎么调。

Uus/pMeC6H4-/キ

刚发现其实CP2K标志的绘制方法就隐藏在官网Sitemap中的这个页面：https://www.cp2k.org/logo（笑）原版是用Python脚本生成POV-Ray输入文件然后直接渲染球体产生的图像，没用什么化学建模软件。那个橙色的色号实际上是(1, 0.2, 0)，即(255, 51, 0)。

小窍门：虽然VMD没有自带POV-Ray，但安装CYLview（参考社长博文http://sobereva.com/151和http://sobereva.com/453）以后在其目录下可以直接找到内置的POV-Ray 3.6.1可执行文件和设置文件等，直接复制到VMD目录下也一样能用于简单的渲染，那个警告“povray: cannot open the system configuration file C:/msys/1.0/home/Claude/povinstall/etc/povray/3.6/povray.conf: No such file or directory”也基本不用管。