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[程序/脚本开发] 简单的MD程序不知道怎么加上限制

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发表于 2017-1-9 18:51:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
现在做的课题需要实现一段简单的分子力学的代码,目的是实现原子在固定的曲面上面运动,也就说需要有一个纯几何的约束加在每个原子上。原子之间的相互作用很简单只考虑L-J势即可,电荷不考虑。现在问题就是这个几何约束如何施加(因为几何可能非常复杂,比如一个螺旋面等等,可能需要极坐标表示)。
请问大家有没有什么好的想法,或者能够利用别的MD软件的接口与之结合也行。再或者有没有开源的这种简单的MD小程序的框架可以拿来直接扩充的。欢迎大家讨论!

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发表于 2017-1-9 23:51:08 | 显示全部楼层
用openmm的python接口或者NAMD的tclforce就行

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 楼主| 发表于 2017-1-10 12:32:36 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2017-1-9 23:51
用openmm的python接口或者NAMD的tclforce就行

你好,谢谢你的回答,请问能够稍微具体一点么。在复杂曲面的情况下tclforce能够做到这种约束?openmm没有使用过,我先去了解一下,谢谢

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发表于 2017-1-10 16:35:31 | 显示全部楼层
dark_cosmos 发表于 2017-1-10 12:32
你好,谢谢你的回答,请问能够稍微具体一点么。在复杂曲面的情况下tclforce能够做到这种约束?openmm没有 ...

具体一点?比如曲面是x=0,原子坐标是qx,qy,qz。则在任意时刻给原子加一个Ux=a*qx^2的势就行了
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