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[CP2K] 求助:PMIxPMIx was unable to find a usable compression library on the system

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楼主
各位坛友,我在运行cp2k时,提示如下问题,请问怎么解决:
PMIx was unable to find a usable compression libraryon the system. We will therefore be unable to compresslarge data streams. This may result in longer-than-normalstartup times and larger memory footprints. We willcontinue, but strongly recommend installing zlib ora comparable compression library for better user experience.You can suppress this warning by adding "pcompress_base_silence_warning=1"to your PMIx MCA default parameter file, or by adding"PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1" to your environment.
官方给出的解决方案中,PMIx MCA default parameter file这个文件在哪?以及这个by adding"PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1" to your environment怎么操作?ps:我系统上默认安装了zlib。CP2K版本:2024.3。系统:CentOS9 stream。虽然存在上述提醒,但是计算任务能够正常进行。

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发表于 Post on 2025-1-13 16:09:40 | 只看该作者 Only view this author
你好,请问这个问题解决了吗

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发表于 Post on 2025-1-24 11:52:39 | 只看该作者 Only view this author
请问可以解决吗,我运行popt版本时出现了这个问题

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发表于 Post on 2025-2-10 11:33:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 后到咸阳斯蒂庞 于 2025-2-10 11:36 编辑

不建议通过在环境变量中添加“PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1”不输出警告,提示中说了对于大体量计算(特别是大体系计算或者AIMD)会使得内存溢出而终止。我也出现了相同的问题,解决方法如下:首先删除通过toolchain安装的openmpi,手动安装zlib并配置环境变量,然后在官网上下载相同版本的openmpi重新编译安装即可。

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Level 2 能力者

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发表于 Post on 2025-5-12 16:41:12 | 只看该作者 Only view this author
后到咸阳斯蒂庞 发表于 2025-2-10 11:33
不建议通过在环境变量中添加“PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1”不输出警告,提示 ...

大佬,zlib1.3.1编译、安装、配置好好之后bash死活找不到,有头绪嘛

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发表于 Post on 2025-5-12 19:58:53 | 只看该作者 Only view this author
xxalzdp 发表于 2025-5-12 16:41
大佬,zlib1.3.1编译、安装、配置好好之后bash死活找不到,有头绪嘛

我用的是这四个
#Zilb
export PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export C_INCLUDE_PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/include:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH

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7#
发表于 Post on 2025-5-17 23:14:03 | 只看该作者 Only view this author
我最近安装cp2k-2025.1 也遇到了同样的问题,会在启动计算任务后提示错误,但使用不影响。强迫症犯了,通过和 deepseek 交流,得到以下解决方法。
目前运行后不会出现“PMIx was unable to find a usable compression libraryon the system.”的提示,供相同问题的伙伴参考。

首先安装zlib-devel:
sudo yum install zlib-devel
安装后,检查 zlib.h 是否存在:
find /usr -name "zlib.h" 2>/dev/null

将之前的 cp2k 安装文件夹改名(备用,以便不成功后回退方便)。

按照站长的教程(http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html)重新安装只是以下部分略作修改。
原始版:
“运行以下命令
cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install”

修改版:
“运行以下命令
cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/

新加命令:# 设置环境变量(关键步骤)
export ZLIB_ROOT=/usr

修改命令:
./install_cp2k_toolchain.sh \
    --with-sirius=no \
    --with-openmpi=install \
    --with-plumed=install \
    --mpi-mode=openmpi \
    --no-check-certificate

其他步骤不变。

关键参数说明​​:
    --mpi-mode=openmpi: 明确要求工具链安装 OpenMPI。
    --with-openmpi=install: 确认安装 OpenMPI(与 --mpi-mode=openmpi 配合使用)。
    ZLIB_ROOT=/usr: 确保 OpenMPI 的 PMIx 组件能找到 zlib。

希望对遇到这些问题的伙伴有用。

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