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[Quantum ESPRESSO] 将QE生成的电荷密度.cube文件加载到Multiwfn中做拓扑分析时报错

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将QE生成的电荷密度.cube文件加载到Multiwfn中,选择2拓扑分析,依次2,3,4,下一步8生成键径时出现以下错误:Error: You must at least locate one (3,-1) CP before trying to generate topology paths!
Press ENTER button to continue该怎么解决呢?

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公社社长

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发表于 Post on 2024-10-12 11:12:08 | 只看该作者 Only view this author
仔细看下文搞清楚支持什么输入文件格式
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

对于cube文件,只能用格点数据插值方式做拓扑分析,没法直接选电子密度。仔细看下文第3节
使用Multiwfn结合CP2K做周期性体系的atom-in-molecules (AIM)拓扑分析
http://sobereva.com/717http://bbs.keinsci.com/thread-46927-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-12 15:52:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-12 11:12
仔细看下文搞清楚支持什么输入文件格式
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://s ...

谢谢社长,我再研究研究。

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发表于 Post on 2024-10-13 10:49:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 卡开发发 于 2024-10-13 11:00 编辑
r.wang 发表于 2024-10-12 15:52
谢谢社长,我再研究研究。

你应该用pp.x的plot_num=21,价电子密度是赝势算出来赝电子密度,可能会出现假的NCP之类的问题,另外cube的网格要更细一些。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-29 09:55:31 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-10-13 10:49
你应该用pp.x的plot_num=21,价电子密度是赝势算出来赝电子密度,可能会出现假的NCP之类的问题,另外cube ...

您好,如何用plot_num=21的.cube文件做拓扑分析呢?

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发表于 Post on 2024-10-29 20:27:06 | 只看该作者 Only view this author
r.wang 发表于 2024-10-29 09:55
您好,如何用plot_num=21的.cube文件做拓扑分析呢?

或许你可以试试AIM-UC.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-27 16:16:31 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-10-29 20:27
或许你可以试试AIM-UC.

您好,有没有AIM-UC的可执行文件

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发表于 Post on 2024-12-27 16:42:43 | 只看该作者 Only view this author
r.wang 发表于 2024-12-27 16:16
您好,有没有AIM-UC的可执行文件

也许你可以试试这个链接
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-27 16:54:32 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-12-27 16:42
也许你可以试试这个链接。

好嘞,谢谢,已经下载好了。为啥打开电荷密度cube文件一直出错呢?

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发表于 Post on 2024-12-27 16:56:46 | 只看该作者 Only view this author
r.wang 发表于 2024-12-27 16:54
好嘞,谢谢,已经下载好了。为啥打开电荷密度cube文件一直出错呢?

或许QE导出的cube不一定是标准的格式,不过这点我没核实过,或许你可以试试用ase或者别的工具做格式转换看看。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-27 16:59:03 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-12-27 16:56
或许QE导出的cube不一定是标准的格式,不过这点我没核实过,或许你可以试试用ase或者别的工具做格式转换 ...

好嘞 谢谢!

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发表于 Post on 2024-12-27 17:00:30 | 只看该作者 Only view this author

必要的话我们可以私下讨论,我目前不确定QE输出的cube在边缘上是否存在冗余,正常情况说xsf会存在这样的问题(至少XCrysDen是这样定义的)。
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