如何分析蛋白质和蛋白质对接之后的动力学模拟结果？

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-10-17 14:54:52

我在将两个蛋白质（A和B）分子对接之后，将对接后的结果进行了分子动力学模拟。
想请教一下，对于这个结果我可以单独分析蛋白质A的RMSD变化，和蛋白质B的RMSD变化吗？如果可以的话，我这一步应该如何选择呢？

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-18 10:53:07

make_ndx 生成相应index group，gmx rms分析时-n index.ndx 选那个group。

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-10-19 08:59:04

本帖最后由刘梦琪于 2024-10-19 10:03 编辑

student0618 发表于 2024-10-18 10:53
make_ndx 生成相应index group，gmx rms分析时-n index.ndx 选那个group。

想请问我想提取出1-122个残基为LA，我将代码这么书写对吗？我应该从蛋白质（1）中选择1-122残基，还是一个从骨架（4）中选择残基？

gmx make_ndx -f em.gro -o LA.ndx

> 1 & r 1-122

> q

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