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[Multiwfn使用咨询] 关于双描述函数投射到分子表面遇到的问题

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发表于 2017-1-10 23:13:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师,您好,我按您Multiwfn手册里4.12.4里面步骤将双描述函数投影到分子表面
4.12.4的大概为步骤为:(1)先开一个Multiwfn输入一个优化好的xxx.wfn文件,选12(表面分析),然后选2(选择要投射的函数),选0(函数值从外部加载),选1(选择定义表面的方式),选1(使用电子密度等值面作为分子表面),选0.01(选等值面)  选0开始分析
(2)再另外开一个Multiwfn,输入xxx.wfn(双描述为xxx-1.wfn),选5,选0,选1,输入-,xxx.wfn(双描述为xxx+1.wfn),选1(双描述选5),选100,输入t.txt,之后关掉这个Multiwfn,在第一个Multiwfn里输入t.txt





现在遇到了几个问题   (1)在第一个Multiwfn里面等值面的数值怎么选择,这个0.01是福井函数的选择,双描述应该怎么选择?,我试了0.01和0.005,发现两次出来的极值点的数值不一样。
                                   (2)我想把出来的极值点在分子表面的图用VMD画出来,我按照http://sobereva.com/196这里面的步骤做,您在Selected Molecule里面设置surfanalysis.pdb时,在控制台输入mol modstyle 0 1 VDW 0.06 ,但是我这样输进去极值点显示不出来,这里的0.06代表什么。还有在Selected Molecule设置vtx.pdb的Color Scale Data Range时,我的范围(-0.0007~0.0008)太小输不进去,显示出来的分子表面只有一片白色。上传了我的vtx.pdb文件。



4.12.4的步骤

4.12.4的步骤

quantanshuang.pdb

3.5 KB, 下载次数: 0

surfanalysis.pdb

3.75 KB, 下载次数: 0

vtx.pdb

2.52 MB, 下载次数: 0

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发表于 2017-1-11 02:13:13 | 显示全部楼层
(1) 我并不建议讨论福井函数或双描述符在分子表面上的极值点数值,应当讨论在分子表面上各个原子区域对应的平均值。
电子密度等值面数值设置有任意性。要是让我来决定,我会把双描述符和电子密度格点数据都导入VMD,把双描述符等值面设得比较合适后,调节电子密度等值面的数值,看看电子密度的isovalue多大的时候电子密度等值面和双描述符等值面交叠比较理想,从而能够通过分子表面上的双描述符数值较好反应双描述符的实际分布特征。

(2)你自行在图形界面里设定作图选项就完了。只不过在图形界面里VDW球最小只能设到0.1倍,但此时还是有点大,所以才直接通过命令行改小到0.06。
凡是图形界面里文本框输入不进去的时候,都用命令行就完了。如果不知道命令行如何输,先选择界面里file-log tcl commands to console,然后随便调整一下设定,对应的命令行就会出现在文本窗口里,改一下其中参数再输即可。
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 楼主| 发表于 2017-1-11 13:48:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 登登 于 2017-1-12 11:45 编辑

感谢sob老师的回复,试了一下不同电子密度等值面,仔细查看了一下,发现极值点的位置只有微小的变化,数值的变化虽然大,但都是一起同步变化的,按照您说的在VMD里面已经画出来了。您不建议讨论福井函数或双描述符在分子表面上的极值点数值,那这些极值点的位置是否价值,因为我想讨论碳基加上不同含氧官能团,碳基的上的亲核的活性位点位置的变化。还有是不是可以理解为一个亲核小分子就是从这些极值点的空间位置开始进攻,或者进一步说是不是可以从亲核试剂的亲电位点和这些碳基上的亲核位点重合的状态开始猜过渡态。

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发表于 2017-1-11 15:21:45 | 显示全部楼层
也有价值,但最好结合等值面图或者分子表面填色图一起考察。极值点的定义太“数学化”,虽然定义严格,但有时候不那么稳妥、会被坑,如同一叶障目。

可以试试。
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 楼主| 发表于 2017-1-11 15:39:22 | 显示全部楼层
好的, 谢谢老师,我试一试
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