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[综合交流] 求:不同小分子化合物之间弱相互作用研究的建议

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发表于 2017-1-12 11:32:56 | 显示全部楼层 |阅读模式

先声明:在下所学专业为医药,无计算化学背景,想搞点跨学科的摸索,但从头学起需耗大量时间和精力,故想请计算化学专业人士指点迷津,望不吝指导,在此先行谢过。

我想探索的是,两个不同小分子化合物,例如一个生物碱(如麻黄碱)和一个黄酮(如芦丁),在同一体系(如水溶液)中,它们之间是否有弱相互作用,应该从哪些方面研究弱相互作用?
由于相关文献较少(目前相关文献多集中在小分子与大分子之间),计算化学又未完全入门,因此恳请专业人士指点,谢谢!



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发表于 2017-1-12 11:50:58 | 显示全部楼层
找个人合作下。

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发表于 2017-1-12 12:18:05 | 显示全部楼层
分析方法仔细看这几篇
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

如果通过量化计算,就构建二聚体,在隐式溶剂模型下计算结合能、结合构型等等,计算级别建议看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

不同结合构型会各有一定比例,可以计算自由能后通过boltzmann分布考察,看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

如果要从分子动力学角度研究,一般就用gromacs。MS里的Forcite比较傻瓜化但要钱

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发表于 2017-1-12 12:25:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 ggdh 于 2017-1-12 12:42 编辑

所有的分子之间都有弱相互作用。
但是这种相互作用是否有意义要根据上下文决定。
如果只是发文章灌水,可以忽略上下文,而只是关注相互作用本身。
具体步骤:
1.用构象搜索研究两个分子复合物的最优构象。(推荐使用schrodinger中的macromodel,或者是molclus
2.参考《大体系弱相互作用计算的解决之道》用gaussian或者orca计算分子间相互作用能的大小(考虑BSSE)。
3.参考使用Multiwfn图形化研究弱相互作用,做出RDG图对弱相互作用进行直观观察。
4.用sapt的方法做能量分解。看看相互作用能的的成分。推荐使用psi4
看了社长大大的,发现我这里只包括量化方面的单纯研究,包括动力学方面的多尺度研究还请参考楼上。

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 楼主| 发表于 2017-1-12 17:03:10 | 显示全部楼层
感谢sobereva、ggdh的指导!

这种弱相互作用在药物领域的意义很多,例如可深入理解复方中一种药物对另一种药物溶出的影响。
原本我只考虑到了氢键、范德华力,想知道的首先是还有哪些具体的弱相互作用需要计算;然后才是具体步骤和操作过程。

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发表于 2017-1-12 20:51:13 | 显示全部楼层
在医药领域「共晶」是一个热门的研究方向 可以看下最近的几篇综述:

1. Chem. Commun.,2016, 52, 8342
2. Chem. Commun., 2016, 52, 640
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