求助：高斯16的使用关于内存和核数问题

lanyangyang

各位老师好，最近再算任务的时候发现，发现运行速度变慢了。如下我投了两个任务，并行56核（服务器共有56核），分配了100G的内存，但cpu使用率不高，内存的使用也极低，麻烦各位老师帮忙看看原因。


输入命令为：nohup g16 -p=56 -m="100GB" < K3O-C60-H5-polar.gjf > K3O-C60-H5-polar.out &

sobereva

说清楚跑什么体系、关键词贴出来。本来很多任务就根本耗不了什么内存

仔细把此文看了：
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

zjxitcc

除了展示输入文件内容，运行以下三行命令 展示运行结果
cat /proc/cpuinfo |grep "physical id"|sort |uniq|wc -l
cat /proc/cpuinfo |grep "processor"|wc -l
cat /proc/cpuinfo |grep "cores"|uniq
这样方便大家检查你是否开启了超线程，以及你做计算使用的核数是否合理。

lanyangyang

sobereva 发表于 2024-10-21 11:31
说清楚跑什么体系、关键词贴出来。本来很多任务就根本耗不了什么内存

仔细把此文看了：

sob老师，一个任务算的是几何优化（18个原子的团簇），另外一个算的是超极化率（64个原子），输入文件已附上。

lanyangyang

zjxitcc 发表于 2024-10-21 12:44
除了展示输入文件内容，运行以下三行命令 展示运行结果
cat /proc/cpuinfo |grep "physical id"|sort |uni ...

已经把三行命令的运行结果展示，麻烦您看看

abin

使用work load manager, 比如slurm

要么, 自己在输入文件数CPU核心,
比如
jobA, %cpu=0-27
jobB, %cpu=28-55

具体查看Gaussian手册.



建议关闭超线程.

你的情况是:
可能开着超线程,
每一个都要56核心, 两个任务跑一个核心上?
使用htop或者btop看一下....

lanyangyang

abin 发表于 2024-10-21 16:35
使用work load manager, 比如slurm

要么, 自己在输入文件数CPU核心,

你好，我试着用命令行提交任务时绑定了0-27cpu，发现绑定后cpu占用率下降了一半（仅为12%左右），不绑定时一个任务用28核算，cpu占用率为25%，请问这是什么原因呢。

abin

lanyangyang 发表于 2024-10-23 10:54
你好，我试着用命令行提交任务时绑定了0-27cpu，发现绑定后cpu占用率下降了一半（仅为12%左右），不绑定 ...

关闭超线程，
使用work load manager 吧

手动控制，你没啥技能的话，可能搞不定的。