求助：伞形采样拉伸时分子不是穿过膜而是将膜拉伸变形

chanchan · 发表于 Post on 2024-10-21 16:02:09

求助各位大佬，我在使用伞形采样过程中，我的拉伸组多肽分子直接将膜拉伸变形了，而不是穿透膜到另一边去，请问这种情况怎么解决呢？
我的拉伸结果如下图所示，我的拉伸参数如下，拉伸组为多肽分子最靠近膜的4个氨基酸分子：

; Pull code
pull                   = yes
pull_ncoords          = 1
pull_ngroups          = 2
pull_group1_name       = PullAmino
pull_group2_name       = POT
pull_coord1_type       = umbrella
pull_coord1_geometry = direction
pull_coord1_dim       = N N Y
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_start    = yes
pull_coord1_rate       = 0.005
pull_coord1_k          = 1500
pull-coord1-vec       = 0.0 0.0 1.0

pxf · 发表于 Post on 2024-10-24 16:15:31

你好，请问你的问题解决了吗？

chanchan · 发表于 Post on 2024-10-25 09:33:13

pxf 发表于 2024-10-24 16:15
你好，请问你的问题解决了吗？

目前还没有，将疏水端放置在更靠近膜的一方来进行拉伸，还是一样的结果

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-10-26 14:58:49

给你的膜分子加一个拉伸方向的位置限制势

chanchan · 发表于 Post on 2024-10-30 09:58:22

slxc920113 发表于 2024-10-26 14:58
给你的膜分子加一个拉伸方向的位置限制势

感谢您的回复，我试一试

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：伞形采样拉伸时分子不是穿过膜而是将膜拉伸变形