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[GROMACS] 求硝酸根GAFF力场参数

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请问硝酸根的GAFF力场参数可以用sobtop生成吗,或者有什么文献可以推荐一下吗

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发表于 Post on 2024-10-22 12:37:38 | 只看该作者 Only view this author
请看介绍sobtop的例子

例2:产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件:参数完全基于GAFF的
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-22 14:02:00 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2024-10-22 12:37
请看介绍sobtop的例子

例2:产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件:参数完全基于GAFF的

万分感谢,我主要是不确定sobtop是否可以生成这种离子参数

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发表于 Post on 2024-10-23 12:42:48 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2024-10-22 14:02
万分感谢,我主要是不确定sobtop是否可以生成这种离子参数

硫酸根、硝酸根、铵根等等任何多原子离子的拓扑信息原理上都可以用sobtop产生。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里有个水中硫酸根+硝酸根+铵根的模拟例子,都是sobtop产生的拓扑信息(GAFF力场+RESP2(0.5)电荷),表现得很好


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-25 16:47:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-23 12:42
硫酸根、硝酸根、铵根等等任何多原子离子的拓扑信息原理上都可以用sobtop产生。北京科音分子动力学与GROM ...

感谢sob老师

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