往溶剂里添加离子后，模拟对接分子的结构发生了改变

暮晨 · 发表于 Post on 2024-10-23 15:44:20

本帖最后由暮晨于 2024-10-23 20:40 编辑

我想模拟这三个小分子的对接，但是我在添加离子后，三个小分子的结构都发生了改变，我想问下这个是正常的吗？或者这个有什么解决方式吗？

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sobereva · 发表于 Post on 2024-10-23 18:03:30

仅凭这极其有限的信息，只能认为你的拓扑文件有问题，或者和结构文件里原子顺序不对应，否则不可能好几个氢都跑一起去了。跟有没有离子没直接关系

暮晨 · 发表于 Post on 2024-10-23 20:43:02

sobereva 发表于 2024-10-23 18:03
仅凭这极其有限的信息，只能认为你的拓扑文件有问题，或者和结构文件里原子顺序不对应，否则不可能好几个氢 ...

老师我刚上传了top文件、能量最小化文件和itp文件，您能帮我看一下大概是什么问题吗？

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