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[GROMACS] 往溶剂里添加离子后,模拟对接分子的结构发生了改变

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本帖最后由 暮晨 于 2024-10-23 20:40 编辑

我想模拟这三个小分子的对接,但是我在添加离子后,三个小分子的结构都发生了改变,我想问下这个是正常的吗?或者这个有什么解决方式吗?


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发表于 Post on 2024-10-23 18:03:30 | 只看该作者 Only view this author
仅凭这极其有限的信息,只能认为你的拓扑文件有问题,或者和结构文件里原子顺序不对应,否则不可能好几个氢都跑一起去了。跟有没有离子没直接关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-23 20:43:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-23 18:03
仅凭这极其有限的信息,只能认为你的拓扑文件有问题,或者和结构文件里原子顺序不对应,否则不可能好几个氢 ...

老师我刚上传了top文件、能量最小化文件和itp文件,您能帮我看一下大概是什么问题吗?

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