求助：Gaussian计算Mo7O24钼的同多酸离子，优化后结构解体了

离子印迹 · 发表于 Post on 2024-10-24 08:58:20

本帖最后由离子印迹于 2024-10-24 09:51 编辑

各位同学各位老师好，关于问题：Mo7O24钼同多酸离子计算后，模型结构分解开了。请问这个是什么原因导致的？

针对于大家对模型的疑问，本人先对问题做简介；

1.Mo7O24钼同多酸离子模型是参考科学出版社陈维林王恩波主编的《多酸化学》书上的。（有图）
2.计算方法：基态Ground state，计算方法DFT,波函数 Default Spin，计算理论B3LYP，基组lanl2mb（Gaussian16 Linux版）

3.价态-6，自选多重度1，原子数31.元素为Mo钼，O氧。
4.计算的问题：几何优化 Optimization。

5.出现的问题：计算优化后，模型的O键断开。

6.能用的资源：16核心服务器

mol文件：

Mo7O24.mol (2.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

gjf 文件：

Mo7O24.gjf (2.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

优化过程视频：

Video_2024-10-24_094225.wmv (293.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

%nprocshared=16
%mem=25GB
%chk=Mo7O24.chk
# opt b3lyp/lanl2mb

Mo7O24

-6 1
Mo -6.78360000 -0.55030000 -0.03150000
O -6.60560000 1.28890000 -1.22570000
····························
最后的log文件因大小超过上传限制，无法上传，log文件显示没有报错。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-24 12:14:21

基组太烂。并且绝对不要给氧用lanl2mb
仔细看下文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

泛函换成PBE0，看下文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

文件上传的规则在置顶的社员必读贴里写明了

真空下这结构是否能维持我不确定，计算级别如果改后还有这现象，考虑加背景电荷或溶剂模型表现外环境

离子印迹 · 发表于 Post on 2024-10-24 14:59:00

sobereva 发表于 2024-10-24 12:14
基组太烂。并且绝对不要给氧用lanl2mb
仔细看下文
谈谈量子化学中基组的选择

谢谢，我试一下

xzxzxz · 发表于 Post on 2025-11-6 02:11:33

你好，想请问一下，你的多酸价态是怎么确定的呢？

JCenter · 发表于 Post on 4 day ago

sobereva 发表于 2024-10-24 12:14
基组太烂。并且绝对不要给氧用lanl2mb
仔细看下文
谈谈量子化学中基组的选择

卢老师，想请教您两个问题。我计算有机中性分子（只含碳氢氧氮4元素，100个原子）和多酸(磷钼酸，氢氧钼磷，59个原子)的ESP。一般来讲，是用结构优化完后的波函数去计算表面静电势。因此，我直接使用B3LYP-D3(BJ)/6-311g**结合iefpcm溶剂模型优化了有机中性分子，并得到了波函数文件。
1.多酸结构中含有过渡金属钼，B3LYP优化过渡金属不太行，若多酸使用pbe0，那两者就不是同一个计算级别了。还是说，多酸结构优化使用B3LYP-D3(BJ)也能接受呢，有没有更好的选择呢
2.基于我对中性分子使用了6-311g**基组，那为了同级别，是对多酸结构使用混合基组：阴离子中的氧使用6-311+g**，氢和磷使用6-311g**，钼使用lanl2TZ(f)或SDD。这样设置合理吗，我的中性有机分子中也含有氧（羰基氧），由于是中性分子，就没加弥散。但由于钼磷酸中的氧存在于阴离子中，我就给阴离子中的氧加了弥散。

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

JCenter 发表于 2026-4-9 16:51
卢老师，想请教您两个问题。我计算有机中性分子（只含碳氢氧氮4元素，100个原子）和多酸(磷钼酸，氢氧钼 ...

1 用B3LYP-D3(BJ)问题不大。以后都统一用PBE0-D3(BJ)

2 合理

JCenter · 发表于 Post on 3 day ago

sobereva 发表于 2026-4-10 05:39
1 用B3LYP-D3(BJ)问题不大。以后都统一用PBE0-D3(BJ)

2 合理

感谢卢老师

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[综合交流] 求助：Gaussian计算Mo7O24钼的同多酸离子，优化后结构解体了

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