如何用GaussView将分子中的取代基去掉并自动填补氢原子

qingqingBANG · 发表于 Post on 2024-10-24 15:55:37

各位老师好，结构如图所示，想要得到这个分子的主体骨架(即蒽），需要把两个甲基去掉，并在两个取代基的位置填补上氢原子，但是在GaussView填补氢原子的时候，不能确定C-H键长是否合适，想请教各位老师有没有方法可以自动填补氢原子并得到合理的结构

lemon_electron · 发表于 Post on 2024-10-24 16:14:10

都需要重新优化的呀

287192454 · 发表于 Post on 2024-10-24 16:31:08

手搓。删除，添加。然后优化结构。这么小个结构，优化很快的

qingqingBANG · 发表于 Post on 2024-10-24 16:44:41

287192454 发表于 2024-10-24 16:31
手搓。删除，添加。然后优化结构。这么小个结构，优化很快的

目前只想得到蒽的骨架结构进行后续的计算和分析，不继续优化，有其他方法确定添加的氢原子是否合适

287192454 · 发表于 Post on 2024-10-24 17:04:50

qingqingBANG 发表于 2024-10-24 16:44
目前只想得到蒽的骨架结构进行后续的计算和分析，不继续优化，有其他方法确定添加的氢原子是否合适

如果不优化的话，怎么能得到后续更准确的数据呢？你如果非要不优化，直接手搓一个H，GV里面有自带默认的C-H距离，软件自己会调节。或者直接从GV的模版里面把蒽的结构弄到画布上，然后计算后续的。

但是，还是得说但是，重新优化一下，估计也就不超过十分钟，后续计算数据还能更加可靠

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-24 23:00:47

最起码拿半经验方法优化一下，一分钟都用不了

qingqingBANG · 发表于 Post on 2024-10-25 10:12:28

sobereva 发表于 2024-10-24 23:00
最起码拿半经验方法优化一下，一分钟都用不了

老师您好，目前是想得到取代基造成的蒽骨架扭曲后的瞬态构型，后续计算的是用氢原子代替取代基后扭曲的蒽，如果采用优化，扭曲的构型可能会发生改变，请问老师有没有什么方法可以保留扭曲骨架且又能保证氢原子合适地取代甲基呢

wangzhe · 发表于 Post on 2024-10-25 10:26:01

可以只优化那两个氢原子

wal · 发表于 Post on 2024-10-25 12:52:06

qingqingBANG 发表于 2024-10-25 10:12
老师您好，目前是想得到取代基造成的蒽骨架扭曲后的瞬态构型，后续计算的是用氢原子代替取代基后扭曲的蒽 ...

把骨架冻结上就行了

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-25 15:47:08

qingqingBANG 发表于 2024-10-25 10:12
老师您好，目前是想得到取代基造成的蒽骨架扭曲后的瞬态构型，后续计算的是用氢原子代替取代基后扭曲的蒽 ...

qingqingBANG · 发表于 Post on 2024-10-25 16:55:57

wal 发表于 2024-10-25 12:52
把骨架冻结上就行了

好的，谢谢老师

qingqingBANG · 发表于 Post on 2024-10-25 17:12:10

sobereva 发表于 2024-10-25 15:47
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.ht ...

好的，谢谢老师

liu1216081301 · 发表于 Post on 2024-10-31 10:35:00

手搓可还行，高斯并没有M$那个自动加氢的功能。

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[Gaussian/gview] 如何用GaussView将分子中的取代基去掉并自动填补氢原子