求助：使用了Ryckaert-Bellemans function的Amber力场，是否还需要计算1-4非键作用？

Sabrina72 · 发表于 Post on 2024-10-27 10:17:00

本帖最后由 Sabrina72 于 2024-10-27 10:17 编辑

截图内容来源：Bonded interactions - GROMACS 2024.3 documentation，File formats - GROMACS 2024.3 documentation

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各位老师好，我想要模拟三水醋酸钠的熔化过程。醋酸根的力场是参考文献https://doi.org/10.1039/C7CP02557B。文献提供的acetate.itp会使用到Ryckaert-Bellemans函数，[ pairs ]有生成，fudgeLJ=0.5。gromacs手册解释Ryckaert-Bellemans函数后，有一个注意事项是要移除1-4LJ相互作用。但是，在gromacs手册topologies的file formats提到的是Ryckaert-Bellemans势被用作与1-4相互作用相结合的余弦级数，要移除1-4相互作用，这里的1-4相互作用是不是指1-4LJ相互作用和1-4库伦作用？这两个地方的描述不一致，让我很疑惑。请问，在三水醋酸钠的itp文件中，我是参考文献https://doi.org/10.1039/C7CP02557B，保留[ pairs ]以及fudgeLJ=0.5；还是保留[ pairs ]以及fudgeLJ=0，不计算1-4LJ相互作用，计算1-4库伦相互作用; 还是完全删除[ pairs ]？

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[GROMACS] 求助：使用了Ryckaert-Bellemans function的Amber力场，是否还需要计算1-4非键作用？