以乙醇为溶剂模拟的一些问题

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-10-28 14:48:16

各位大佬下午好，我现在想用gromacs模拟一些以乙醇为溶剂的其他小分子的溶剂化自由能，小分子采用的GAFF力场，小分子也都计算了其RESP电荷，主力场为amber14sb力场。在建模完成之后，我进行能量最小化，出现了[atomtypes]的报错，查阅得知出现了原子的重复定义，得删除重复定义，但关键是我模拟的模型有一千多个，一个模型一个模型删除这种重复定义有点不现实，我的问题是，是否可以将乙醇分子的各个原子定义写入主力场下的ffnonbonded.itp中，删除乙醇分子itp文件中的[atomtypes]呢？或者是否有其他方法能够实现呢？感谢各位大佬赐教，感激不尽。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-28 15:53:54

所有乙醇都共用同一个itp里的信息，里面定义单个乙醇的信息，怎么可能“一个模型一个模型删除”，明明改一处就完了
搞清楚gromacs拓扑文件的逻辑
另外，重复定义原子类型信息不会导致错误，只不过覆盖之前的而已。遇到warning能忽略的直接忽略

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-10-28 17:18:03

sobereva 发表于 2024-10-28 15:53
所有乙醇都共用同一个itp里的信息，里面定义单个乙醇的信息，怎么可能“一个模型一个模型删除”，明明改一 ...

好的，我试试，谢谢社长

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