使用gmx hbond -ac计算氢键寿命遇到的问题

Sunca · 发表于 Post on 2024-10-29 22:36:56

本帖最后由 Sunca 于 2024-10-29 22:45 编辑

1.ac.xvg文件中哪一项代表氢键的自相关函数，哪一项代表积分后的氢键平均寿命，也就是gromacs手册里的C(τ)和τHB
2.我模拟的体系有10条多糖链，我要计算所有分子链间氢键的平均寿命的话，应该两两之间求hbond ac然后求和再除以分子对数吗
3.我模拟了400ns，但是ac.xvg里面只有一半轨迹4999帧=200ns，设置了-acflen -1和-acflen 10000也没用，怎样得到整个轨迹的ac

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-30 01:43:22

直接从gmx hbonds输出信息里读HB lifetime就完了，不需要自己积分

Sunca · 发表于 Post on 2024-10-30 17:21:47

本帖最后由 Sunca 于 2024-10-30 17:38 编辑

sobereva 发表于 2024-10-30 01:43
直接从gmx hbonds输出信息里读HB lifetime就完了，不需要自己积分

谢谢老师！我还是有些问题不太明白：
1.积分的结果指的是图中integral：17902.662ps吗

2.我的理解是integral表示整个模拟过程中的所有氢键的平均寿命为17902.662ps，如果我做的是一个升温模拟，氢键寿命肯定会随温度（时间）变化，我怎么得到不同模拟时间的氢键寿命
3.hbond_ac.xvg中第一列和第二列都是氢键自相关函数，二者有什么区别？文献中一般用来比较的氢键稳定性（强度/寿命）的图用的是第一列还是第二列
4.我模拟了400ns，但是ac.xvg里面只有一半轨迹4999帧=200ns，而且其中的第一列小于0了，这正常吗

5.我模拟的体系有10条多糖链，我要计算所有分子链间氢键的平均寿命的话，应该分子链两两之间求hbond ac然后求和再除以分子对数吗

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