求助：使用Sobtop获取胶原的力场参数，Gromacs运行出现问题

moluren · 发表于 Post on 2024-10-30 15:07:31

通过xtb优化的一种胶原分子的结构，获得优化后的结构（xtbopt.xyz），经过VMD转化为.pdb文件后，然后基于.pdb文件（OJY.pdb）想通过Sobtop获取力场参数：
具体步骤如下：
1. 因为胶原分子.pdb文件的结构中的原子类型分别手动设置为了c3, n3和使用了UFF_O，UFF_H；
2. 然后使用Sobtop中选项卡4（用预置的力场参数，缺失的自动猜）；
然后直接获得了OJY.itp OJY.top OJY.gro文件，并且将电荷进行了补充。
最后通过利用md_vac.mdp想检验结构参数的稳定性，但是Gromacs无法进行模拟（用了纯水体系已经确认了安装的Gromacs.2018没有问题）

请教各位老师，我是在哪一步出现问题了呢？

是否因为原子类型间的bond、angle、dihedral项没有设定呢？
然后，原子类型间的bond、angle、dihedral项使用assign_AT.dat应该怎么设定呢？

已经将源文件附上，谢谢各位老师。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-31 17:12:16

蛋白质类体系应当用专门的pdb2gmx产生拓扑文件，而不是用sobtop这样的通用拓扑文件产生工具
而且就算必须要用的话，也没理由用UFF力场的原子类型，直接指认AMBER的原子类型就完了

moluren · 发表于 Post on 2024-11-1 10:06:34

sobereva 发表于 2024-10-31 17:12
蛋白质类体系应当用专门的pdb2gmx产生拓扑文件，而不是用sobtop这样的通用拓扑文件产生工具
而且就算必须 ...

感谢sob老师的解答。
如果使用Sobtop，但是通过xtb优化结构后得到.xyz文件，然后通过VMD转换.xyz格式为.pdb格式，以.pdb文件为Sobtop的输入文件不能指认AMBER的原子类型；
然后通过VMD转换.xyz格式为.mol2格式，以.mol2文件为Sobtop的输入文件，Sobtop会直接闪退；
再请教您，上述问题该如何解决呢，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-1 19:13:33

moluren 发表于 2024-11-1 10:06
感谢sob老师的解答。
如果使用Sobtop，但是通过xtb优化结构后得到.xyz文件，然后通过VMD转换.xyz格式为. ...

检查mol2文件的格式合理性
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

最好用gview或openbabel产生mol2文件

moluren · 发表于 Post on 7 day ago

sobereva 发表于 2024-11-1 19:13
检查mol2文件的格式合理性
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.kein ...

十分谢谢sob老师，经过仔细检查分子结构，已经解决。

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